作者，Evil Genius
特檢和腫瘤早篩真的是不能馬虎一點。
civic官網(wǎng)，https://civicdb.org/welcome。
CIViC是一個community-edited forum，用于討論和解釋與癌癥variants(或生物標(biāo)志物改變)臨床相關(guān)性相關(guān)的同行評審出版物。這些解釋可能包括分子改變(或缺少clinical significance)與一種或多種治療、診斷、預(yù)后或其他治療決定之間的關(guān)聯(lián)。這些對臨床意義(或缺乏臨床意義)的解釋純粹是為了研究目的。沒有解釋的發(fā)現(xiàn)并不一定表明缺乏與任何特定variants或生物標(biāo)志物改變的相關(guān)性。Interpretations不是按潛在的或預(yù)測的重要性排序。這些解釋不承諾或保證任何clinical benefit(或缺乏clinical benefit)。
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1、assertion
CIViC Assertion總結(jié)了證據(jù)項目的collection，這些證據(jù)項目涵蓋了特定癌癥背景下某一變異的預(yù)測/治療、診斷、預(yù)后或易感臨床信息。
2、evidence
臨床證據(jù)聲明是從可靠的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中人工整理的一段信息，這些信息涉及對癌癥易感性、診斷(又稱分子分類)、預(yù)后或?qū)χ委煹念A(yù)測反應(yīng)有影響的變異或基因組“事件”。
3、molecular-profiles
CIViC分子譜是跨越一個或多個基因的一個或多個CIViC variants的復(fù)雜組合。變體以AND或or連接的組合方式放置，NOT支持互斥性。這些關(guān)系可以通過括號進(jìn)一步定義。
4、features
CIViC Features包括一個功能級摘要，一個到藥物基因交互數(shù)據(jù)庫的鏈接，以及來自MyGene.info的大量基因細(xì)節(jié)。
5、variants
CIViC變異通常是基因組的改變，包括單核苷酸變異、插入/刪除事件、拷貝數(shù)改變、結(jié)構(gòu)變異和其他與“正?！被蚪M不同的事件。
6、Variant Groups
Variant Groups提供用戶定義的基于統(tǒng)一特征的基因內(nèi)部和基因之間的Variant Groups。
7、Clinical Trials
如果相關(guān)來源的PubMed記錄提供臨床試驗ID, CIViC會自動將臨床試驗關(guān)聯(lián)到證據(jù)項。
8、Diseases
All CIViC Evidence Items are associated with a Disease included in the Disease Ontology database.
9、Therapies
CIVIC療法與預(yù)測證據(jù)類型相關(guān)，并描述了對治療的敏感性、耐藥性或不良反應(yīng)。療法也可以用來描述更一般的治療類型和方案，如FOLFOX或放療。
10、Associated Phenotypes
表型是人類疾病中遇到的癥狀或異常，可選的與證據(jù)項相關(guān)聯(lián)，并且為人類表型本體數(shù)據(jù)庫所知。
11、Sources
每個證據(jù)項目都與支持該項目臨床聲明的來源相關(guān)聯(lián)。CIViC接受PubMed已知的出版物或通過美國臨床腫瘤學(xué)會發(fā)表的摘要。
12、Variant Types
Variant Types are used to classify CIViC variants by Sequence Ontology terms, permitting advanced searching for categories of variants downstream semantic analyses.
13、Data Releases
CIViC服務(wù)器產(chǎn)生nightly和每月的版本，其中包括all primary entity records的子集。
核心部分，CIVIC Documentation
CIViC為不同的entity types提供了一系列Browse視圖。這些內(nèi)容顯示在左側(cè)菜單中，每個內(nèi)容都為其中一個entities提供可過濾的表格:Assertions, Evidence, Molecular Profiles, Genes, Variants, Variant Groups, Clinical Trials, Diseases, Therapies, Phenotypes, Sources and Variant Types.
以下是這些表格中提供的各種信息的示例。
CIViC Knowledge Model
1、Evidence Overview
1.1 Evidence Attributes
其中幾個重點指標(biāo)需要看一下
Statement
證據(jù)陳述字段是對來自已發(fā)表醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的證據(jù)的描述，這些證據(jù)詳細(xì)說明了分子譜(變異)與特定疾病的預(yù)測性、診斷性、預(yù)后性、易感性、致癌或功能相關(guān)性(以及預(yù)測證據(jù)的治療)之間的關(guān)聯(lián)或缺乏關(guān)聯(lián)。證據(jù)陳述的格式可以不同，但建議該陳述包含以下內(nèi)容:重申證據(jù)類型、分子特征(變異)、基因和疾病、進(jìn)行的任何比較或使用的治療方法(例如，臨床試驗的分組)、研究中的個體(或細(xì)胞系)數(shù)量、研究結(jié)論以及支持結(jié)論的統(tǒng)計比較(例如，p值、R2、置信區(qū)間等)。具體類型的證據(jù)陳述的詳細(xì)例子可以在下面找到。值得注意的是，不應(yīng)在證據(jù)聲明字段中輸入構(gòu)成受保護(hù)健康信息(PHI)的數(shù)據(jù)。
- 盡可能從主要文獻(xiàn)來源(不是評論文章)中得出。
- 盡可能簡潔，同時提供足夠的實驗細(xì)節(jié)來解釋和評估證據(jù)(N值，統(tǒng)計數(shù)據(jù)等)。
- 單一的預(yù)測、診斷、預(yù)后、易感、致癌或功能陳述，而不是組合。
- 針對一般受眾，避免特定領(lǐng)域的縮寫詞和俗語。
- 多個獨立的證據(jù)項可以并且經(jīng)常來自于一個出版物。
一般來說，涉及藥物的證據(jù)陳述應(yīng)歸類為預(yù)測性證據(jù)類型。
Evidence Level
證據(jù)水平描述了支持證據(jù)項目的研究類型的穩(wěn)健性。支持五種不同的證據(jù)水平:“A -驗證關(guān)聯(lián)”，“B -臨床證據(jù)”，“C -案例研究”，“D -臨床前證據(jù)”和“E -推論關(guān)聯(lián)”。具有有效關(guān)聯(lián)的證據(jù)項(A)在癌癥治療中的分子譜(變異)相關(guān)性方面具有已證實的或臨床共識。通常，這些證據(jù)項目描述了III期臨床試驗或相關(guān)的FDA批準(zhǔn)的伴隨診斷。臨床證據(jù)(B)通常是大型臨床試驗或其他支持臨床關(guān)聯(lián)的主要患者數(shù)據(jù)。這些證據(jù)項目通常包括5個以上的患者來支持證據(jù)聲明中的主張。病例研究(C)是臨床期刊上的個別病例報告。臨床前證據(jù)(D)來源于支持臨床聲明的體內(nèi)或體外實驗(例如，細(xì)胞系或小鼠模型)。最后，推斷關(guān)聯(lián)(E)間接地將分子譜(變異)與提供的臨床證據(jù)聯(lián)系起來。
雖然CIViC可以接受所有級別的證據(jù)陳述，但最高優(yōu)先級是A和B級，其次是C、D、E級。
level A 通常，A級驗證證據(jù)項目描述III期臨床試驗(用于治療或伴隨診斷)，隨后提交給FDA進(jìn)行上市前批準(zhǔn)。
b級證據(jù)項目可以描述在批準(zhǔn)過程中提交給FDA的試驗;然而，相對于a級證據(jù)項目，b級證據(jù)項目通常具有較小的樣本量或評估較不確定的結(jié)果(例如，反應(yīng)率而不是總生存率)。
I、II和III期臨床試驗占B級證據(jù)項目的很大比例。
一個證據(jù)項目通常需要超過5個患者才能被認(rèn)為是b級證據(jù)項目。
Evidence Types
目前支持六種證據(jù)類型:預(yù)測性(即治療性)、診斷性、預(yù)后性、易感性、致癌性和功能性（ Predictive (i.e. Therapeutic), Diagnostic, Prognostic, Predisposing, Oncogenic, and Functional）。每種證據(jù)類型描述了分子譜(MP)在以下方面的臨床或生物學(xué)效應(yīng):治療反應(yīng)(預(yù)測性)，確定患者的診斷或疾病亞型(診斷性)，預(yù)測疾病進(jìn)展或患者生存(預(yù)后性)，疾病易感性(易感性)，或與癌癥表型(致癌)或蛋白質(zhì)功能(功能性)相關(guān)的生物學(xué)改變。
Evidence Direction
Significance
Sensitivity/Response, Resistance, Adverse Response, Reduced Sensitivity, or N/A.
origin(變異起源)
研究中變異的起源對于在上下文中解釋結(jié)果很重要。研究可能提供關(guān)于變異起源的具體信息(體細(xì)胞與腫瘤/正常配對數(shù)據(jù))，而其他研究可能更加模糊(僅腫瘤測序，可能是體細(xì)胞或種系變異，例如，來自乳腺癌樣本的BRCA1突變)。記錄變體起源允許快速過濾證據(jù)，并提供與涉及該variants的其他研究相比的研究背景。
Evidence Rating
證據(jù)等級取決于許多因素，包括研究規(guī)模、研究設(shè)計、正交驗證和可重復(fù)性。雖然整體的出版物/研究/摘要可能是高質(zhì)量的，但對于研究中沒有得到很好支持的單個結(jié)論的證據(jù)項，證據(jù)等級可能較低。因此，證據(jù)評級并不對期刊、出版物或證據(jù)來源本身進(jìn)行評級，而是單獨評估從證據(jù)來源中提取的證據(jù)組成部分。雖然這仍然是一個有點主觀的衡量標(biāo)準(zhǔn)，但證據(jù)評級的一般最佳做法詳細(xì)說明如下。
