作者，Evil Genius
關(guān)于OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)
OncoKB(Precision Oncology Knowledge Base)網(wǎng)址：https://www.oncokb.org/，該數(shù)據(jù)庫(kù)由Memorial Sloan Kettering Cancer Center開(kāi)發(fā)并維護(hù)，以腫瘤患者基因突變?yōu)楹诵?，收錄突變?duì)應(yīng)的靶向藥物使用、生物學(xué)與腫瘤學(xué)效應(yīng)，以及突變?cè)谌巳褐蟹植碱l率和臨床預(yù)后特征等信息。OncoKB數(shù)據(jù)來(lái)源包括FDA、NCCN、ASCO或ESMO會(huì)議論文、腫瘤領(lǐng)域?qū)＜夜沧R(shí)和論文文獻(xiàn)，以及cBioPortal，COSMI等公共數(shù)據(jù)庫(kù)，共56種腫瘤相關(guān)的682個(gè)基因5425種改變以及對(duì)應(yīng)的96種藥物注釋信息，每條信息經(jīng)過(guò)臨床基因組學(xué)注釋委員會(huì)(Clinical Genomics Annotation Committee, CGAC)的定期審閱與修訂。
2021年10月7日，OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)獲得了美國(guó)FDA的部分認(rèn)可，它是第一個(gè)被FDA部分認(rèn)可的癌癥體細(xì)胞變異數(shù)據(jù)庫(kù)（體系變異是生命后期發(fā)生的改變，而不是出生時(shí)遺傳的胚系變異）。
FDA認(rèn)可OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)中一部分為2級(jí)（臨床意義，46個(gè)基因）和3級(jí)（潛在臨床意義，37個(gè)基因）共83個(gè)基因生物標(biāo)志物（注意，F(xiàn)DA 2級(jí)和3級(jí)的基因有重疊部分，整合后為66個(gè)基因）的有效科學(xué)證據(jù)來(lái)源，可用于簡(jiǎn)化腫瘤NGS分析測(cè)試的開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證過(guò)程。以后腫瘤基因檢測(cè)公司可以使用這些數(shù)據(jù)來(lái)支持上市前提交的腫瘤分析測(cè)試的臨床有效性。使用DNA測(cè)序確定腫瘤的突變譜進(jìn)而指導(dǎo)靶向治療和研究性治療方案。
由于OncoKB不包含針對(duì)特定治療產(chǎn)品的任何CDx聲明，因此根據(jù)定義，OncoKB中的任何基因變異都不會(huì)被視為FDA 1級(jí)。
▲ FDA認(rèn)可的證據(jù)級(jí)別，其中1級(jí)為CDx；2級(jí)為具有臨床意義的突變：使醫(yī)療保健專業(yè)人員根據(jù)臨床證據(jù)（如專業(yè)指南中提出的臨床證據(jù)）使用有關(guān)患者腫瘤的信息。這類信息得到了分析有效性（適當(dāng)情況下針對(duì)突變本身或通過(guò)代表性的方法）和臨床有效性（通?；诠_(kāi)的臨床證據(jù)，如專業(yè)指南和/或同行評(píng)審的出版物）的證據(jù)支持；3級(jí)為具有潛在臨床意義的突變：不被認(rèn)為是1級(jí)或2級(jí)生物標(biāo)志物的突變可以被描述為具有潛在臨床意義的癌癥突變。這些突變可能可以提供有用的信息，或用于指導(dǎo)患者參加可能適合于他們的臨床試驗(yàn)。此類信息得到了分析有效性（適當(dāng)情況下通過(guò)代表性方法）和納入專家組臨床或基礎(chǔ)機(jī)制（通常包括同行評(píng)審的出版物或體外臨床前研究模型）的證據(jù)支持。
▲ OncoKB證據(jù)級(jí)別與FDA證據(jù)級(jí)別之間的映射：由于OncoKB不包括診斷公司要求處方針對(duì)特定治療產(chǎn)品的任何CDx聲明，因此根據(jù)定義，OncoKB中的任何基因變異都不會(huì)被視為FDA 1級(jí)；OncoKB的1類和2類證據(jù)，以及標(biāo)準(zhǔn)耐藥性變異R1證據(jù)均映射到FDA 2級(jí)；OncoKB的2類新興生物標(biāo)志物（NCCN中的2A類）和3A,3B和4類證據(jù)，以及臨床試驗(yàn)支持的耐藥性變異R2證據(jù)均映射到FDA 3級(jí)。
更為直觀的分類如下：FDA藥物標(biāo)簽和部分NCCN指南為FDA 2級(jí)（臨床意義），部分NCCN指南和同行評(píng)審的出版物以及OncoKB評(píng)估的基于生物標(biāo)志物的研究或分析類型為FDA 3級(jí)（潛在臨床意義）。
OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)以基因?yàn)楹诵?，提供了每個(gè)基因的變異、相關(guān)腫瘤類型，實(shí)驗(yàn)證據(jù)等信息，示意如下：
進(jìn)入OncoKB官網(wǎng)主頁(yè)，可以看到OncoKB根據(jù)不同證據(jù)水平將腫瘤中基因突變信息分為四個(gè)數(shù)據(jù)等級(jí)，其中：
1級(jí)數(shù)據(jù)為，被FDA推薦的，可以作為FDA批準(zhǔn)的某藥物治療腫瘤療效biomarkers的突變；
2級(jí)數(shù)據(jù)是，NCCN或其他專家共識(shí)的，在腫瘤標(biāo)準(zhǔn)治療中可以作為經(jīng)FDA批準(zhǔn)的某藥物療效biomarkers的突變；
3A級(jí)數(shù)據(jù)為，令人信服的臨床試驗(yàn)證明的，可以作為某藥物治療腫瘤療效潛在靶標(biāo)的突變；
3B級(jí)別數(shù)據(jù)為，經(jīng)調(diào)查表明某FDA批準(zhǔn)或未批準(zhǔn)藥物在腫瘤標(biāo)準(zhǔn)治療中可以作為藥物療效biomarkers，但尚未被專家共識(shí)認(rèn)可的突變；
4級(jí)數(shù)據(jù)為，高質(zhì)量細(xì)胞或動(dòng)物實(shí)驗(yàn)文獻(xiàn)研究報(bào)道的，作為某藥物治療腫瘤療效潛在靶標(biāo)的突變。
另外有R1/R2級(jí)數(shù)據(jù)，為腫瘤耐藥相關(guān)突變信息，R1為腫瘤標(biāo)準(zhǔn)治療中可以作為FDA批準(zhǔn)的藥物耐藥指標(biāo)的突變信息，R2為某藥物治療腫瘤產(chǎn)生耐藥的相關(guān)突變信息臨床研究證據(jù)。
點(diǎn)擊Levels of Evidence可見(jiàn)如下圖所示的數(shù)據(jù)等級(jí)分級(jí)。
OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)核心功能及操作演示
點(diǎn)擊Cancer Genes可預(yù)覽該數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的全部腫瘤相關(guān)的基因突變信息：
第一列：基因名稱
①列打“√”的基因表示被OncoKB收錄有注釋信息，標(biāo)“信封”的表示可點(diǎn)擊信封標(biāo)志申請(qǐng)?zhí)砑幼⑨屝畔ⅲ?/p>
②列為腫瘤學(xué)功能，TSG為抑癌基因，Ocongene為癌基因；
③列為注釋信息來(lái)源；
④列為數(shù)據(jù)來(lái)源的總數(shù)。各列標(biāo)題右下角的小箭頭均可點(diǎn)擊進(jìn)行排序，表格右上角提供檢索功能。
Actionable Genes為OncoKB核心功能模塊，點(diǎn)擊進(jìn)入功能頁(yè)面，可以看到依次有Level 1~4和Level R1/R2級(jí)別的數(shù)據(jù)，提供以腫瘤類型、藥物和突變基因名三種方式進(jìn)行檢索。
除了查詢功能外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了命令行工具，用于注釋自己的基因組變異信息，支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注釋，該工具名為oncokb-annotator, 網(wǎng)址如下:
但是對(duì)于我們生信而言，不可能一個(gè)位點(diǎn)一個(gè)位點(diǎn)的查詢，需要把數(shù)據(jù)庫(kù)的所有信息全部抓取出來(lái)，以供臨床診斷。
抓取數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候需要我們提供基因列表，我們可以全部抓取，也可以按照我們自己分析的panel 基因進(jìn)行抓取，準(zhǔn)備一個(gè)excel表格就可以了，示例如下：
