細胞交互的半套簡配機制 -----就做的半套，不做全
間接機制
1.間接機制的研究主要聚焦于檢測明星通路分子的磷酸化蛋白及總蛋白的表達情況，如蛋白 的磷酸化/總量比值，提示通路的活化或抑制的情況。 由于主變量與通路之間一定存在能夠介導(dǎo)磷酸化過程的酶
2.主變量存在修飾作用的時候，是否存在省略做法？
1）舉例：DNA甲基化，我們研究主變量發(fā)生變化的原因，上游找啟動子區(qū)CpG島甲基化檢 測，通過啟動子位點甲基化狀態(tài)的變化，解釋基因為什么被封印/解封印，那是否必須去找 上游介導(dǎo)甲基化/去甲基化途徑的酶呢？可以檢測（故事圓滿）也可以不檢測（類似間接機制）。
2）舉例：組蛋白甲基化，也可以只檢測組蛋白位點甲基化狀態(tài)。
3）舉例：RNA修飾，蛋白修飾。
3.主變量涉及的修飾形式，都可以是直接機制做一半（涉及分子修飾半套機制）
細胞交互的半套機制
1.從哪里來到哪里去的問題只研究一半
1）研究供體細胞的病理過程，說明病理過程會釋放某個循環(huán)分子，這個分子作為疾病的 biomarker。
2）先提出發(fā)現(xiàn)一個分子，伴隨疾病的發(fā)生，有特異性表達增高的現(xiàn)象（致病性因素），說 明這個分子作為biomarker，研究某一種受體細胞接受這個分子的信號之后，發(fā)生與疾病相 關(guān)的表型過程。
3）共同套路源頭：先建立一個循環(huán)分子與疾病臨床特征之間的相關(guān)性。 問題從臨床來，然后細胞、動物、機制上研究。多用于臨床樣本多的疾病。
2.套路步驟——以疾病的biomarker為研究對象的課題套路
主變量依舊是循環(huán)分子，作為biomarker，需要符合臨床意義的原則（主要應(yīng)用：疾病診 斷、預(yù)后評價、治療療效等）
1）針對主變量的表達，臨床相關(guān)性的統(tǒng)計分析
a.三表一圖+ROC曲線 三表一圖
（數(shù)據(jù)套餐：基線資料表、單因素分析表、多因素分析表、預(yù)后生存曲線圖）
Cox回歸分析 ROC曲線
b.數(shù)據(jù)來源——篩查二字決
2）確認交互細胞與交互形式
a.交互細胞——兩種：供體細胞分泌主變量、受體細胞接受主變量調(diào)控機制 一般來說機制解釋：先下后上；真實：分子功能特性決定研究做上還是做下。
故事開頭主變量的臨床意義先解釋清楚，一個有診斷價值的biomarker分子，一定是效 應(yīng)分子么？答案否定，它可以是一個表型伴隨的產(chǎn)物，甚至是廢物。
關(guān)注下游效應(yīng)的受體細胞途徑，適用于主變量是信號分子，作用是在細胞間傳遞信 號。當主變量沒有特定的信號傳遞的功能下，解答上游如何釋放環(huán)節(jié)的問題，成為優(yōu)先考慮 的研究角度。——半套機制選擇往上還是往下的選擇規(guī)律。
總的來說，能下還是先下，不能下再往上溯源。
往上往下由信號分子決定，信號分子可上可下，半套必然做下；非信號分子不能往 下，只能做上。
基礎(chǔ)研究范疇里，大部分故事的主變量是具有信號傳導(dǎo)功能的，往下游找受體細胞機 制是半套研究里更加常見的。循環(huán)分子里存在特殊分子，代謝組學(xué)（尿液），重點放在誰分 泌他們（找上游）。
b.交互形式：供體細胞——主動分泌/破碎流出，受體細胞——膜上接受信號/信號分子吞 入。
3）驗證主變量與表型關(guān)系
上游：驗證表型的出現(xiàn)與主變量釋放的關(guān)聯(lián)
下游：主變量被受體細胞接受后，與表型獲得之間的關(guān)聯(lián) 操作細節(jié)：gain of function（受體細胞）一般做法是載體或病毒過表達，細胞交互課題可 直接將循環(huán)分子加入培養(yǎng)上清策略，兩種策略都要做double check，增加說服力
上游與下游的區(qū)別在于表型與分子之間的因果關(guān)系顛倒
上游：表型出現(xiàn)與分子在培養(yǎng)上清中表達變化之間關(guān)系，建立模型手段誘導(dǎo)細胞，然后 去檢測上清液中釋放的主變量差異；
深入研究：同樣在供體細胞內(nèi)過表達主變量，去看他表 達在胞內(nèi)的增加和釋放增加有無相關(guān)性
4）機制環(huán)節(jié)：
與單細胞模型研究一樣
a.只做供體細胞或受體細胞內(nèi)的機制，二元關(guān)系足夠單個細胞內(nèi)上下游都存在的完美三元結(jié)構(gòu)在這里不存，因為是半套研究
b.二元關(guān)系有直接與間接之分，水平天差地別
間接機制：明星通路蛋白WB+rescue
直接機制：分子類型歸類分子交互模式，驗證直接結(jié)合+結(jié)合位置——難度大
c.細節(jié)難度的頂峰——直接機制，宏觀邏輯頂峰——多元變量+嵌套在二元細胞模型 細節(jié)+邏輯都是頂配——太高深
總結(jié)
1.完整的細胞研究對象：供體細胞或受體細胞
2.單變量與多元變量的規(guī)范動作依舊可以完整表現(xiàn)出來
3.四步驟半套細胞交互研究方法提綱
1）檢測主變量的分子表達，臨床相關(guān)性的統(tǒng)計分析
2）確定交互細胞與交互形式
3）細胞表型驗證
4）機制研究 不僅考慮主變量是什么類型的分子，還要考慮交互的因變量分子是什么類型，不同類型的分 子交互有不同的研究方法
4.高端設(shè)計：直接機制+半套研究 全套交互模式：囊泡+miRNA
