轉(zhuǎn)錄從哪里起始？答案是——在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）。TSS 不只是一個位置符號，它把轉(zhuǎn)錄本、啟動子、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、染色質(zhì)狀態(tài)這些信息連成一條線。
在基因表達(dá)調(diào)控的研究中，轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（Transcription Start Site, TSS） 的精確定位是理解基因如何被激活或抑制的關(guān)鍵。然而，傳統(tǒng)的TSS注釋往往存在分辨率低、組織特異性差等問題，難以滿足日益精細(xì)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究需求。
來自Riken的研究團(tuán)隊(duì)在《Journal of Molecular Biology》上發(fā)表了一篇重要論文，介紹了一個全新的數(shù)據(jù)庫——refTSS， 一個面向人類和小鼠的 高質(zhì)量 TSS 參考數(shù)據(jù)集，為TSS研究帶來了突破性進(jìn)展。
數(shù)據(jù)庫最新版地址（建議收藏）： http://reftss.clst.riken.jp/
數(shù)據(jù)庫初版地址：https://reftss.riken.jp/reftss-v3/Main_Page
論文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283619302530
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refTSS 是什么？
簡言之，refTSS 是把大量公開的 TSS 資源再加工整合后得到的“參考 TSS 集”，覆蓋人和小鼠。數(shù)據(jù)條目包括每個 TSS 的基因注釋、峰位坐標(biāo)、質(zhì)量評估結(jié)果，以及在物種之間的保守性信息，是研究轉(zhuǎn)錄起始與啟動子調(diào)控的實(shí)用基礎(chǔ)資源。
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refTSS數(shù)據(jù)來自哪里？它是如何構(gòu)建的？
refTSS 并不是某一次實(shí)驗(yàn)的產(chǎn)物，而是把多個高質(zhì)量來源匯聚、重處理并統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)化得到的成果。主要來源包括（但不限于）：
- FANTOM5 的 CAGE 數(shù)據(jù)（高精度定位 5' cap，適合檢測 TSS）；
- DBTSS、EPDnew、ENCODE 等已發(fā)表或公共資源的 TSS/啟動子注釋；
- 研究組對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行了峰識別、跨資源合并、質(zhì)量過濾與物種間比對，最后生成可查詢的 reference 集與可視化 track。
最終得到：
- Human TSS peaks：224,694
- Mouse TSS peaks：173,204
提供了哪些注釋與質(zhì)量信息？
每個 TSS 除了坐標(biāo)外，還帶有：
- 基因/轉(zhuǎn)錄注釋（若有）
- QC 指標(biāo)：TATA-box 富集、GC 含量分布、以及用 TomeTools 的“TSS-ness”分類
- 與 ENSEMBL Regulatory Build（ERB）的重疊類型（promoter、promoter-flanking、enhancer 等）
- 人鼠保守性（通過 liftOver 比對得到）
約 47–56% 的 TSS peaks 與 ERB 注釋的 promoter/相關(guān)區(qū)域重疊；約 45% 的 TSS peaks 在人鼠間被識別為保守（不同類別按是否注釋為 ortholog 等進(jìn)一步細(xì)分）。
應(yīng)用場景：
- 定位 TSS：當(dāng)你用 RNA-seq、長讀長測序或 CAGE 得到轉(zhuǎn)錄起始信息時，可用 refTSS 驗(yàn)證/注釋 TSS。
- 研究啟動子調(diào)控：將 ChIP-seq（TF、Pol II、H3K4me3/H3K27ac 等）與 refTSS 對齊，可以更精確地分析哪個啟動子在什么時候活躍。
- 比較物種保守性：refTSS 包含人-鼠保守性信息，便于比較進(jìn)化保守的啟動子使用。參考TSS
- 支持功能注釋與新轉(zhuǎn)錄本鑒定：對新發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄本或 isoform，refTSS 可作為確認(rèn)其起始位點(diǎn)的參考。
（在發(fā)育或刺激時間序列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究中，refTSS 特別有用 —— 它可以幫助把“哪個啟動子在什么時候開關(guān)”這個問題落到基因組坐標(biāo)上。）
怎么使用這個數(shù)據(jù)資源？
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- 網(wǎng)站（http://reftss.clst.riken.jp/）可直接搜索、下載TSS 文件（BED/GTF）、查看每個 TSS 的 QC 與注釋，下載地址：http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/；
- 提供 UCSC TrackHub（可直接加載到 Genome Browser）便于可視化比對 ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq 等數(shù)據(jù)；
- 推薦把 refTSS 當(dāng)成“TSS 參考集”來做 promoter-level 定量、啟動子注釋或把 epigenome 數(shù)據(jù)與具體 TSS 關(guān)聯(lián)分析。
小結(jié)
如果你的研究涉及啟動子使用、轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控或需要精確定義 TSS，refTSS 是一份高價值的參考資源：它把多種高質(zhì)量證據(jù)整合，提供坐標(biāo)、QC、基因注釋與保守性信息，便于在基因組水平做跨數(shù)據(jù)整合分析。只是要注意：對低豐度或細(xì)胞類型特異的 ncRNAs，目前覆蓋仍然有限——需要結(jié)合你自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)或等待后續(xù)更新。
