Linux環(huán)境下的軟件安裝
題外話：紀(jì)念一下今天老板突然通知后天例會(huì)我來(lái)講一篇nature文章，好爽，但是還好在花花小澤幫助下今天學(xué)習(xí)內(nèi)容很快上手完成
思維導(dǎo)一下
今天的學(xué)習(xí)內(nèi)容是（來(lái)自生信星球）：
linux如何安裝軟件？
--第一步，簡(jiǎn)單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
--第二步，給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以。
--第三步，安裝和配置miniconda
--第四步（重點(diǎn)），使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例，其實(shí)安裝軟件很復(fù)雜，甚至有專(zhuān)門(mén)的一門(mén)課來(lái)講這個(gè)，今天這里僅是入門(mén)操作。
--第五步（選修），不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目，需要定制conda的分身。
開(kāi)始
conda等同于App store
準(zhǔn)備工作
1.查看自己服務(wù)器上是否有bzip2（在linux下輸入bzip2，回車(chē)就好）
沒(méi)有的話會(huì)顯示-bash: bzip2: command not found
那咱就安裝
yum install -y bzip2**
2.軟件管理Miniconda
最方便快捷的生信分析軟件下載器，刷刷刷
3.下載miniconda（感謝花花直接提供的鏈接）
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
請(qǐng)耐心等待一會(huì)
4.怎么安裝下好的miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路Enter，看到Please answer‘yes’ or ‘no’，請(qǐng)毫不猶豫輸入yes，回車(chē)，最后安裝好后再來(lái)一個(gè)yes
最后會(huì)顯示Thank you for installing Miniconda3!恭喜安裝成功
5.安裝成功后還需要對(duì)miniconda做些啥呢
-安裝成功后還需激活，在linux下輸入source ~/.bashrc來(lái)激活conda
-添加鏡像
#新手安裝不需要remove 所以加了井號(hào)。如果曾經(jīng)添加過(guò)國(guó)內(nèi)鏡像，需要去掉下一行行首的#再運(yùn)行第一行。
# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
好了，一切準(zhǔn)備工作結(jié)束，開(kāi)始玩耍conda
1.查看當(dāng)前所有軟件列表
conda list
2.搜索軟件
conda search fastqc ###此處以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例
3.安裝軟件
conda install fastqc -y ###加上-y參數(shù)是自動(dòng)安裝)
conda install fastqc=0.11.7 -y ###安裝版本
4.卸載軟件
conda remove fastqc -y
5.理解啥叫“conda 環(huán)境”--------（來(lái)自生信星球）
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身??！按照你的項(xiàng)目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。
1）先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
conda info --envs ###前面帶*的就是默認(rèn)的
2）先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 創(chuàng)建完之后，再次查看一下conda環(huán)境，conda info --envs ，多了一個(gè)rna-seq，但默認(rèn)還是base
4）激活conda環(huán)境
conda activate rna-seq ###這時(shí)默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前面
5）卸載一個(gè)環(huán)境中的軟件
---卸載環(huán)境中的某個(gè)軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
---要卸載環(huán)境中的全部軟件，需要先退出當(dāng)前環(huán)境再刪除
conda deactivate ###退出當(dāng)前環(huán)境
---卸載環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all
