1912年2月29日晚8時(shí)，北洋陸軍第三鎮(zhèn)在北京以索餉為名發(fā)動(dòng)兵變。
當(dāng)時(shí)，蔡元培正帶著宋教仁、汪精衛(wèi)等人組成專使團(tuán)，在北京迎接袁世凱南下就任臨時(shí)大總統(tǒng)。叛亂的軍隊(duì)打到專使團(tuán)的住所，蔡元培等人逃到東交民巷內(nèi)的六國飯店。
當(dāng)晚執(zhí)法處沒有出動(dòng)，全城巡警也一律撤崗。許多巡警和平民也加入搶劫，全城火光沖天，騷亂很快蔓延。很快，天津和保定也出現(xiàn)了兵變。
然至二十九日之夜，北京一部之軍隊(duì)，俄然暴動(dòng)，數(shù)日數(shù)夜之間，北京都城化為兵匪紛擾之衢，商廈被燒，良民被殺，搶掠一空，慘憺已極?！对绖P》日內(nèi)滕順太郎著，張振秋譯
時(shí)任大總統(tǒng)府秘書的許寶蘅在其當(dāng)晚日記中寫道：
八時(shí)正晚飯，忽報(bào)齊化門外所駐第三鎮(zhèn)之九標(biāo)炮輜各營兵變，攻入齊化門，因傳說將下剪發(fā)令，又因陸軍部將該營加餉扣減，遂爾嘩潰。正在查詢，即聞槍聲甚近，蓋府內(nèi)尚駐有十標(biāo)一營與變兵相應(yīng)，遂與總統(tǒng)避入地穴內(nèi)，一面派人宣諭并無扣餉、剪發(fā)之事。又聞槍聲甚急，一面派人分頭探察宣諭，勸令歸伍。
探報(bào)變兵大肆搶掠，又報(bào)南京來使有洪軍保護(hù)無虞，又報(bào)第三鎮(zhèn)九標(biāo)一營赴帥府園保護(hù)曹仲山統(tǒng)制。二、三兩營擬出營救火，請總統(tǒng)命令，余謂黑夜之間未叛之兵不宜輕出，遂止其出營。又報(bào)東四牌樓一帶無處不搶。又執(zhí)法處報(bào)西城尚安靖。本府衛(wèi)兵亦有離府出搶者。至三時(shí)后，各處火勢漸衰，烏金吾報(bào)已調(diào)消防隊(duì)救火。槍聲漸少，至四時(shí)倦極，在椅上躺睡。此次變端，初無所聞，事后無從彈壓，惟有靜以待旦。
這次兵變要從武昌起義說起。
1911年10月10日夜，武昌起義爆發(fā)。革命軍俘虜了清軍二十一混成協(xié)協(xié)統(tǒng)黎元洪，并擁立其為都督。
10月27日，袁世凱作為欽差大臣，駐節(jié)孝感，統(tǒng)率北洋軍向武漢進(jìn)攻。
11月10日袁世凱派人赴武昌與革命黨人議和。黎元洪和革命軍總司令黃興都答應(yīng)，倘若中華民國成立，將由袁世凱為中華民國大總統(tǒng)。
12月8日，袁世凱任命唐紹儀為總理內(nèi)閣大臣的全權(quán)代表，組織議和代表團(tuán)，參贊中有汪精衛(wèi)。
12月18日，南北議和會(huì)議開始。并達(dá)成協(xié)議，袁世凱支持逼清廷退位，孫中山同意袁世凱提出的把中國統(tǒng)一到以袁世凱為首的北京政府之下的要求。
1912年1月1日，南京臨時(shí)政府正式成立，孫中山在南京就任臨時(shí)大總統(tǒng)。第二天，袁世凱得知后，撤銷唐紹儀和談代表的資格。議和談判暫時(shí)中斷。
2月12日，隆裕太后發(fā)布《退位詔書》，宣布清宣統(tǒng)皇帝退位，并授權(quán)袁世凱組織臨時(shí)政府。至此，統(tǒng)治了中國二百六十八年的清朝正式終結(jié)，被中華民國取代。
第二天，2月13日，孫中山提出辭呈，推薦袁世凱接任。臨時(shí)參議院正式定都南京并選袁世凱任臨時(shí)大總統(tǒng)。
臨時(shí)政府定都南京，很明顯，對袁世凱是不利的，其中有明顯的牽制北洋軍的意圖。
2月16日，孫中山致電唐紹儀，催袁世凱到南京就職。電報(bào)中說：
蓋新定總統(tǒng)來寧授職，于未舉袁公之時(shí)早經(jīng)參議院議決。而軍人以京都地點(diǎn)移動(dòng)，且有取消南京臨時(shí)政府之嫌，憤激不堪。袁公若不速來，誠恐失各省及軍人之信仰，而枝節(jié)橫生，從前種種調(diào)和，終致不良之結(jié)果，甚非文與袁公之本意。且在彼軍眾，見清帝退位詔中有全權(quán)組織政府之語，袁公不來南京，則以為實(shí)授“滿清”之委任，而不認(rèn)民國之選舉，此一點(diǎn)終無由洗刷，于民國歷史亦為不光。故無論如何困難，袁公必有以處此也。
對于袁世凱來說，要定都南京，確實(shí)是很困難的。一方面，袁的北洋軍在北方，另一方面，北方嚴(yán)竣的形勢也讓袁世凱無暇他顧。這主要表現(xiàn)在三點(diǎn)：
一、蒙古問題。武昌起義后不久，庫倫即宣告獨(dú)立，舉活佛為皇帝，“該地形勢，儼然如俄國之一屬國”。袁世凱認(rèn)為：
外蒙古之獨(dú)立與各省不同，各省系對于清廷獨(dú)立，外蒙則對于中國獨(dú)立，且其中尚有外人之暗助與各蒙王之外附，若不早定辦法，則蒙疆將至不可收拾。
二、東北問題。張作霖曾數(shù)次親自或派人與日本駐奉天總領(lǐng)事落合謙太郎秘密會(huì)面，試圖將東三省出賣給日本。他向落合表示：
本人認(rèn)為與其將滿洲委于南方人之手，勿寧讓與外人更為了當(dāng)。當(dāng)此時(shí)刻，日本國如對本人有何指令，本人自必奮力效命。
袁世凱聞?dòng)嵑蟛坏貌辉O(shè)法阻止其入關(guān)，為此甚至炸掉山海關(guān)外京奉鐵路一處鐵橋。
三、宗社問題。2月12日晨，肅親王偕其家屬、隨員共五十六名以及日本人川島浪速等七人，到達(dá)奉天，“欲擁君主前赴東三省，聯(lián)合蒙古各處，邀請日俄保護(hù)，宣告獨(dú)立”。
形勢嚴(yán)竣，京津氣氛也極為緊張，袁世凱本人也于1月16日在東華門外丁字街遭到炸彈襲擊。
經(jīng)過協(xié)商，在定都問題上，南方和北方之間已經(jīng)有了極大的可商量余地。由于絕大多數(shù)人是反對交首都定在南京，南方不再堅(jiān)持要定都在南京。
2月27日，唐紹儀謁見袁世凱時(shí)，表示：
國都遷南一說，曾由參議院提議，孫逸仙先生既未持有一定之理由，而各省都督尤絕對不贊成，且國都建設(shè)北京，全國同胞幾成一致主張，總統(tǒng)即應(yīng)俯順輿論，在京受任。惟雖定都北京，總統(tǒng)必先赴南京一行，庶可化南北之畛域。俟南京布置略定，再回北京方可云云。
這說明，臨時(shí)政府不一定要以南京為首都，袁世凱也可以在就職后返回北京組織臨時(shí)政府。
袁世凱也很快就“聲明暫允一行，由京漢鐵路南下，俟宣誓受任后即返北京”。
可是，在這種情況下，卻在2月29日發(fā)生了北京“壬子兵變”。
兵變是袁世凱的兒子袁克定策劃的。在蔡元培使團(tuán)來京前，袁世凱的長子袁克定，就已經(jīng)同當(dāng)時(shí)任第三鎮(zhèn)統(tǒng)制的曹錕等人密謀發(fā)動(dòng)兵變，以恐嚇歡迎使團(tuán)，阻止袁世凱南下。兵變使袁世凱赴南京就職之事戛然而止。
3月10日，袁世凱在北京就任臨時(shí)大總統(tǒng)，不久后將臨時(shí)政府遷至北京。
由于本次兵變，原本與英法美德四國銀行達(dá)成的借款協(xié)議，被迫中止，新政府的建立和運(yùn)作遇到極大困難，很長時(shí)間內(nèi)成為一個(gè)弱勢政府。
兵變后，袁世凱沒有處理參加的軍人，而是拿老百姓開刀。當(dāng)時(shí)在北京的記者莫理循記錄了兵變后的慘狀。
一大群搶劫嫌疑犯被槍決了，大多數(shù)都是窮人，其中有一個(gè)小女孩、一名婦女和一個(gè)老婦人，她們僅僅是因?yàn)樵谝呀?jīng)倒塌的樓房殘骸中揀拾了幾塊廢木料。另外三名貧窮的婦女由于拿走了幾塊燒焦的木塊和廢鐵皮，就被擊斃。還有三個(gè)男人正在等待處以絞刑的宣判。
