參考教材：《生物信息學(xué)》（第二版） 樊龍江 主編

蛋白質(zhì)功能域

一條蛋白質(zhì)序列中的一段保守區(qū)域，該區(qū)域能夠獨(dú)立行使功能、進(jìn)化等。
在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中，是一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的一部分，能形成一個(gè)緊密的三級(jí)結(jié)構(gòu)，能獨(dú)立折疊且結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，同樣具有獨(dú)立功能和進(jìn)化等特征。

功能域模型

目的：除了多序列聯(lián)配的結(jié)果，用更好的方式描述功能域并應(yīng)用。

一致序列consensus sequence

多序列聯(lián)配結(jié)果中每一列出現(xiàn)最多的堿基或氨基酸構(gòu)成的序列，是一條單一序列。

正則表達(dá)式regular expression

把每一列出現(xiàn)的堿基或氨基酸都列出而形成的。

概型profile

是一個(gè)類似PSSM的矩陣，但它可以包含匹配、錯(cuò)配、插入和缺失等情況。提供了多序列聯(lián)配中每一列出現(xiàn)各種氨基酸（或空格）的概率（經(jīng)過對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換并取整數(shù)）。

HMM概型（隱馬爾可夫模型）

用參數(shù)表示的用于描述隨機(jī)過程統(tǒng)計(jì)特性的概率模型，是一個(gè)雙重隨機(jī)過程，由兩部分組成：馬爾可夫鏈和一般隨機(jī)過程。
詳情見書P381

熵與不確定性

信息量IC=2-H（H越大，IC越低）

公式

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