前面提到我終于把RDS搞好到另一臺(tái)電腦順利讀取開始scenic之旅了。
經(jīng)過了一個(gè)夜晚的等待，我滿懷希望的去摘取勝利的果實(shí)了。。。然而居然在半夜報(bào)錯(cuò)了。。。

image.png

不過我相信好事多磨，，，總不會(huì)我一個(gè)人這樣。畢竟

成功的花兒,人們只驚羨她現(xiàn)時(shí)的美麗,不知道想當(dāng)初她的芽兒,浸透了奮斗的淚泉,灑遍犧牲的血雨

我還沒經(jīng)歷夠血雨吧！開始血雨搜索之旅！??！

1.用最喜歡的母語中文搜到一個(gè)同樣問題，是的，只有問題，未解決，等著你寫回答。

image.png

2.中文找不到，加一句話，我把報(bào)錯(cuò)轉(zhuǎn)為英文

Sys.setenv(LANGUAGE = "en")

image.png

先去github看，網(wǎng)速感人還是打開了，沒見這個(gè)問題。

搜索也沒收獲哦。

3.還是看源碼吧

F2打開源碼,一眼就看到了該死的register。

image.png

register(MulticoreParam(nCores), default = TRUE)

我分析了他的字面意思，是多核運(yùn)行的意思。
我是windows啊大哥，你不是只允許我用1核嗎。

image.png

我用的是1
我不需要多核
那么
我把這句刪掉是不是就可以了啊。
加個(gè)井號(hào)#

image.png

runSCENIC_2_createRegulons <- function (scenicOptions, minGenes = 20, coexMethods = NULL, 
          minJakkardInd = 0.8, signifGenesMethod = "aprox", onlyPositiveCorr = TRUE, 
          onlyBestGsPerMotif = TRUE) 
{
省略中間代碼
共313行

這是代碼最后的樣子

image.png

保存為runSCENIC_2_createRegulons .R
source('runSCENIC_2_createRegulons .R')
再次運(yùn)行
又失敗了
。。。

> scenicOptions <- runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions,
+                                             coexMethod=c("top5perTarget")) # Toy run settings
09:50   Step 2. Identifying regulons
tfModulesSummary:
              [,1]
top5perTarget  212
09:50   RcisTarget: Calculating AUC
Scoring database:  [Source file: mm9-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather]
09:57   RcisTarget: Adding motif annotation
Number of motifs in the initial enrichment: 54981
Number of motifs annotated to the matching TF: 794
Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES),  : 
  could not find function "rbindlist"
In addition: Warning messages:
1: In RcisTarget::importRankings(dbFilePath, columns = randomCol) :
  The following columns are missing from the database: 
2: In RcisTarget::importRankings(dbFile, columns = rnktype) :
  The following columns are missing from the database: features
3: In importRankings(rnkName, columns = allGenes) :
 
 Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES),  : 
  could not find function "rbindlist" 

我是缺少多少函數(shù)呀。。。
R4.0.5太新了嗎
我決定退回去試試

image.png

這就坑爹了呀，再到這一步要一夜。。
看看我從接觸R到現(xiàn)在更新 了多少版本了

image.png

再次失敗

image.png

再查，說是可能沒調(diào)用這個(gè)包

require(data.table)

呀，順利通過。。

image.png

成功又近了一步。加油！
為了方便你們檢索到
我把英文報(bào)錯(cuò)也粘貼在這里！

> scenicOptions <- runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions,
+                                             coexMethod=c("top5perTarget")) # Toy run settings
Error in register(MulticoreParam(nCores), default = TRUE) : 
  could not find function "register"

 Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES),  : 
  could not find function "rbindlist"