前言
今天的推文開頭，Immugent得先闡述一個(gè)可能被廣大讀者誤解的情況。就是因?yàn)樽罱艑殠斓耐莆亩际墙榻B單細(xì)胞方向的軟件或者工具，導(dǎo)致有一些小伙伴誤以為我們只做單細(xì)胞相關(guān)研究的介紹。其實(shí)并不是這樣的，我們會專注于各種最新最好用的軟件，而不是限制于它究竟是做bulk還是scRNA數(shù)據(jù)分析，比如之前的一篇專門對bulk數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘的軟件：整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分型之MOVICS;當(dāng)然還有bulk聯(lián)合scRNA數(shù)據(jù)分析的軟件：Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群和Bulk和單細(xì)胞數(shù)據(jù)中腫瘤信號分析之PROGENy.
但是沒有關(guān)系，生信寶庫是很寵粉的，那接下來就做一波分析bulk數(shù)據(jù)的軟件吧。
今天的主角是一個(gè)在線網(wǎng)站，是Immugent的一個(gè)好朋友在2022年開發(fā)的CAMOIP，并且相應(yīng)的推文發(fā)表在BIB雜志上。這個(gè)軟件專門用于分析各種癌癥免疫治療相關(guān)的基因或者功能通路，其實(shí)Immugent在之前已經(jīng)介紹過一款具有這項(xiàng)功能的軟件：IOBR，但是它是需要使用者會R語言。因此，Immugent今天就來介紹一下在線就能完成所有分析的工具CAMOIP。
主要內(nèi)容
文章的第一副圖就是介紹了CAMOIP的數(shù)據(jù)來源，以及搭建的流程。但這里需要說明的是，因?yàn)槟壳坝幸恍┠[瘤不適合進(jìn)行免疫治療，因此沒有相應(yīng)的組學(xué)數(shù)據(jù)，所以CAMOIP沒有納入這部分腫瘤的數(shù)據(jù)。
接下來首先介紹的就是CAMOIP的最基本功能--生存分析，這個(gè)分析雖然很簡單，但是又是必須有的。
然后就是對基因突變數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的模塊，使用者可以根據(jù)某一基因的突變情況進(jìn)行分組，從而對不同組間其它基因或者功能進(jìn)行分析。
既然CAMOIP主打的就是對腫瘤免疫治療效果的預(yù)測，那肯定少不了對各種腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的含量進(jìn)行分析。
最后要介紹的也是CAMOIP比較有特色的就是功能相關(guān)分析，使用者可以對不同分組的患者進(jìn)行GSEA分析，并且網(wǎng)站給出了多種展示結(jié)果的方式。
展望
總的來說，CAMOIP這個(gè)在線網(wǎng)站的功能還是很齊全的。不同于之前其它同類的在線網(wǎng)站，只能簡單的看一些基因的表達(dá)或者簡單做一下生存分析；CAMOIP可以在這個(gè)基礎(chǔ)上通過整合多組學(xué)數(shù)據(jù)，可以完成對各種功能通路，以及分子機(jī)制的分析，以及它們對免疫治療效果的影響。在本期推文的內(nèi)容中,Immugent只是根據(jù)相應(yīng)的文章簡單對CAMOIP的功能框架進(jìn)行介紹，后續(xù)將專門推出一篇實(shí)例操作的推文，敬請期待！
好啦，本期分享到這里就結(jié)束了，我們下期再會~~
[參考文獻(xiàn)]
Lin A, Qi C, Wei T, Li M, Cheng Q, Liu Z, Luo P, Zhang J. CAMOIP: a web server for comprehensive analysis on multi-omics of immunotherapy in pan-cancer. Brief Bioinform. 2022 May 13;23(3):bbac129. doi: 10.1093/bib/bbac129. PMID: 35395670.
