安裝Homer

mkdir homer && cd homer
wget http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl
#檢查依賴軟件是否已安裝，一般生信服務(wù)器上都安裝有對應(yīng)軟件
perl configureHomer.pl -check
# 下載安裝Homer
perl configureHomer.pl -install
echo "export PATH=$PWD:/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

查看Homer支持哪些物種

perl configureHomer.pl -list

下載對應(yīng)的物種的數(shù)據(jù)源(本次的實驗物種是水稻)

perl configureHomer.pl -install rice
perl configureHomer.pl -install rice.IRGSP-1.0

安裝其他配套軟件

• samtools
• R
  R需要安裝的依賴包有DESeq2,edgeR

開始分析預(yù)測motif

findMotifsGenome.pl <peak/BED file> <genome> <output directory> -size # [options]

HOMER peak文件有至少5列：

findMotifsGenome.pl T0h.Homerpeak.txt rice.IRGSP-1.0 T0h

需要注意的點，有可能你的基因的chr的字符串可能和數(shù)據(jù)庫里的不一致,此時你就直接指定你自己的參考基因組文件即可
findMotifsGenome.pl T0h.Homerpeak.txt rice.IRGSP-1.0.genome.fa T0h -p 16
參數(shù)說明：
-bg backgroundpeak.bed #默認是使用基因組作為背景，如果要是有多組之間比較的話，可以使用該參數(shù)，指定其他的組的peak bed作為背景
-p 16 指定使用16個cpu運算

輸出結(jié)果介紹

輸出結(jié)果在上面指定的第三個參數(shù)文件夾T0h內(nèi)

• homerMotifs.all.motifs 所有的各種長度的motifs

• homerMotifs.motifs10 長度為10的motifs

• homerMotifs.motifs12

• homerMotifs.motifs8

• homerResults de novo的motif信息的文件夾

• homerResults.html de novo 預(yù)測的motifs

  
  
  從頭預(yù)測的motif

• knownResults 已知的motif信息的文件夾

• knownResults.html

  
  
  已知的motifs

• knownResults.txt

• motifFindingParameters.txt 運行Homer的各種參數(shù)設(shè)定

• seq.autonorm.tsv 短核苷酸序列自動矯正情況

參考資料

安裝參考地址
Homer peakMotifs官方使用說明
Homer motif官方分析完全說明

Cut-Tag分析流程