前言：下決心，好好從頭學(xué)R，記錄日常學(xué)習(xí)（ps：主要是以在Windows學(xué)習(xí),中間或許夾雜Linux）

1. R以及Rstudio安裝(不再贅述)

2. 安裝R包

2.1 通過(guò)Rstudio菜單

      Tools--Install Pacakges   
      Pacakges--Install

2.2 通過(guò)install.pacakges命令安裝

      install.packages('readxl')
      install.packages('writexl')

2.3 通過(guò)bioconductor（生信R包）

      if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
      BiocManager::install(version = "4.0")
      library("BiocManager")

      #一次安裝多個(gè)包
      BiocManager::install("DESeq2")
      library(DESeq2)
      BiocManager::install("ggplot2")
      BiocManager::install(c("ggplot2","ggtree","DESeq2"))

      #安裝特定的包
      source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
      BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

      #幫助
      help(package="package_name")

3. 常用小函數(shù)

      #獲取幫助，打開(kāi)幫助文檔首頁(yè)
      help.start()

      #列出當(dāng)前已加載包中所含的所有可用示例數(shù)據(jù)集
      data()

      #工作空間，查看當(dāng)前的工作目錄
      getwd()

      #設(shè)定當(dāng)前的工作目錄#
      setwd("D:/software/R/r_homework/R")

      #列出當(dāng)前工作空間中的對(duì)象
      ls()

      #刪除目前所有的變量
      rm(list = ls())

      #顯示最近使用過(guò)的#個(gè)命令（默認(rèn)值為 25），可以不填
      history()

      #保存命令歷史到文件 myfile 中（默認(rèn)值為.Rhistory）
      savehistory("myfile")

      #保存指定對(duì)象到一個(gè)文件中
      save(objectlist, file="myfile") 

      #顯示或設(shè)置當(dāng)前選項(xiàng)
      options()

      #能夠顯示庫(kù)所在的位置
      .libPaths()

4. 實(shí)例

4.1 案例：年齡及體重

      age = c(1,3,5,2,11,9,3,9,12,3)
      weight = c(4.4,5.3,7.2,5.2,8.5,7.3,6.0,10.4,10.2,6.1)

      #平均值
      mean(age)
      mean(weight)

      #標(biāo)準(zhǔn)差
      sd(weight)

      #相關(guān)度
      cor(age,weight)

      #畫圖
      plot(age,weight)

4.2 案例：隨機(jī)分布

      #創(chuàng)建了一個(gè)包含20個(gè)均 勻分布隨機(jī)變量的向量
      x <- runif(20)
      x
      
      #摘要統(tǒng)計(jì)量
      summary(x)
      
      #直方圖
      hist(x)

4.3 案例：將輸出用為輸入

      #利用汽車數(shù)據(jù)mtcars執(zhí)行一次簡(jiǎn)單線性回歸，通過(guò)車身重量（wt）預(yù)測(cè)每加侖行駛 的英里數(shù)（mpg）
      lm(mpg~wt, data=mtcars)

      #分析結(jié)果被繼續(xù)使用
      lmfit <- lm(mpg~wt, data=mtcars)

      #統(tǒng)計(jì)
      summary(lmfit)

      #生成回歸診斷圖形
      plot(lmfit)

      #將計(jì)算和保存影響度量統(tǒng)計(jì)量
      cook<-cooks.distance(lmfit)

4.4 案例：利用vcd包中數(shù)據(jù)

      #安裝vcd包
      install.packages("vcd")
      library(vcd)

      #列出此包中可用的函數(shù)和數(shù)據(jù)集
      help(package="vcd")

      #載入這個(gè)包并閱讀數(shù)據(jù)集Arthritis的描述
      help(Arthritis)
      Arthritis

      #運(yùn)行數(shù)據(jù)集Arthritis自帶的示例
      example(Arthritis)      

既然已經(jīng)能夠正常運(yùn)行R，那么是時(shí)候正式開(kāi)啟學(xué)習(xí)啦，休息一會(huì)兒，馬上回來(lái)！