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標(biāo)題：ARTS-DB: a database for antibiotic resistant targets
中文：ARTS-DB: 抗生素抗性靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫
雜志：Nucleic Acids Research
時間：2021

摘要

由于耐藥細(xì)菌的不斷進(jìn)化，迫切需要新的抗生素。抗生素化合物由生物合成基因簇(bgc)編碼，主要由細(xì)菌產(chǎn)生。隨著公開測序基因組數(shù)量的指數(shù)級增長和BGC預(yù)測工具的進(jìn)步，基因組挖掘算法已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了數(shù)百萬未被識別的BGC，以供進(jìn)一步評估。由于化合物的識別和表征仍然是一個瓶頸，一個主要的挑戰(zhàn)是優(yōu)先確定有前景的bgc。最近，研究人員采用了基于自我抗性的策略，使他們能夠預(yù)測由無特征的BGCs編碼的天然產(chǎn)物的生物活性。自2017年以來，抗生素耐藥靶標(biāo)導(dǎo)引頭(ARTS)促進(jìn)了所謂的靶標(biāo)導(dǎo)向基因組挖掘(TDGM)方法，用于對編碼潛在新抗生素的BGCs進(jìn)行優(yōu)先排序。在這里，我們展示了ARTS數(shù)據(jù)庫，可以在https://arts-db.ziemertlab.com/上找到。ARTS數(shù)據(jù)庫提供了總共7萬個基因組和宏基因組組裝基因組的預(yù)先計算的ARTS結(jié)果。高級搜索查詢允許用戶快速探索TDGM的基本標(biāo)準(zhǔn)，如基本管家基因的BGC鄰近性、復(fù)制性和水平基因轉(zhuǎn)移。此外，ARTS數(shù)據(jù)庫提供了整個細(xì)菌界相互連接的結(jié)果，以及與天然產(chǎn)物研究中的已知數(shù)據(jù)庫的鏈接。

官網(wǎng)：https://arts-db.ziemertlab.com/
似乎只有在線入口，沒有公開數(shù)據(jù)，不好用。

檢索界面：https://arts-db.ziemertlab.com/search2/