用ImageJ的來(lái)為圖片上的粒子（Particles）計(jì)數(shù)，這里的粒子可以是細(xì)胞、克隆、孢子、菌落、病斑等。這次我計(jì)數(shù)的是克隆形成的結(jié)果。
處理的流程是：
1. 通過(guò)FileOpen打開(kāi)需要計(jì)數(shù)的圖片，然后調(diào)整圖片為8位的灰度圖：Image --> Type --> 8-bit。
2. 通過(guò)Image --> Adujust --> Brightness/Contrast稍微給圖片增加些對(duì)比度，這里不手動(dòng)調(diào)了，點(diǎn)Auto即可。
3. 然后，通過(guò)Image --> Adujust -->Threshold調(diào)整閾值，這里我設(shè)置的是0-155。
4. 由于邊界及培養(yǎng)皿外部的干擾，我們用圓形工具將需要計(jì)數(shù)的區(qū)域圈出來(lái)。
5. 接下來(lái)，計(jì)數(shù).通過(guò)Analyse --> Analyze Particales進(jìn)入分析粒子窗口，設(shè)置“粒子“為50-1000，Show中選擇Outlines，以外輪廓的形式顯示“粒子”并為粒子編號(hào)；勾選Summarize，點(diǎn)擊OK，即完成計(jì)數(shù)過(guò)程。結(jié)果如下：
以上是單個(gè)圖片的處理過(guò)程，通常我們需要處理十幾張或幾十張的圖片，這個(gè)時(shí)候批量的操作將會(huì)給我們帶來(lái)非常大的便利。
批量操作分為兩步：
-
通過(guò)宏記錄器 plugins --> Macros -->Record，將上面的處理過(guò)程記錄下來(lái)。
得到類似以下的結(jié)果:
圖片.png
將其保存為宏文件。
通過(guò)Process --> Batch --> Macro，打開(kāi)保存的宏文件， input為需要計(jì)數(shù)的圖片所在的文件夾，output可以保存計(jì)數(shù)的圖片，如下
最后，可以從summary的窗口里面的到每一張圖的計(jì)數(shù)結(jié)果了。大功告成！
以上內(nèi)容為個(gè)人整理，參考教程：
ImageJ實(shí)用技巧——宏記錄器(解放雙手篇)https://zhuanlan.zhihu.com/p/55655493
如何用ImageJ進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù)？https://www.sohu.com/a/198558299_278730
Image J下載地址：https://downloads.imagej.net/fiji/latest/fiji-win64.zip
