Q20：質(zhì)量值為20，表示錯(cuò)誤率為1/100，正確率99%
Q30：質(zhì)量值為30，表示錯(cuò)誤率為1/1000，正確率為99.9%
phix:
擴(kuò)增子測(cè)序，質(zhì)量控制出現(xiàn)下面的情況，推測(cè)原因：
1.測(cè)序過(guò)程中，液路系統(tǒng)進(jìn)了氣泡，核實(shí)辦法，去看原始的照相圖片，如果圖像上有大片的白光，那說(shuō)明是氣泡問(wèn)題；
- 就是你們測(cè)序的對(duì)象，是個(gè)堿基超級(jí)不平衡的樣品，而且測(cè)序過(guò)程中沒(méi)摻入phix進(jìn)行堿基平衡。
目前的解決方案是：
在測(cè)低復(fù)雜度的文庫(kù)時(shí)，摻入一定量的高復(fù)雜度文庫(kù)。最常用的摻入文庫(kù)是Illumina出品的PhiX文庫(kù)，也有些實(shí)驗(yàn)室會(huì)用哺乳類(lèi)動(dòng)物的基因組文庫(kù)來(lái)增加文庫(kù)的復(fù)雜度，效果是一樣的。
PhiX文庫(kù)有以下的特點(diǎn)：
PhiX文庫(kù)中GC含量約為45%，是堿基比例較為平衡的樣本。
PhiX DNA就是ΦX174噬菌體的DNA，其基因組的長(zhǎng)度是4kb略多，其序列已清楚地被測(cè)定。
PhiX DNA文庫(kù)沒(méi)有Index，所以在樣本Demultiplex的過(guò)程中，被挪到undetermined的文件中，不會(huì)與別的有Index的文庫(kù)相混。
PhiX的序列是已知的，所以，在測(cè)序過(guò)程中，儀器會(huì)對(duì)PhiX的序列進(jìn)行比對(duì)，算出Phasing和Pre-Phasing(一個(gè)簇中，有多少比例的DNA是少合成了一個(gè)堿基（Phasing），又有多少比例的DNA是多合成了一個(gè)堿基（Pre-Phasing）
