本系列課程要求大家有一定的R語(yǔ)言基礎(chǔ)，對(duì)于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽(tīng)一下師兄的《生信必備技巧之——R語(yǔ)言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開(kāi)始講解，深入淺出的帶大家理解和運(yùn)用強(qiáng)大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點(diǎn)圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標(biāo)軸和圖例等。
本次課程所用的配套書(shū)籍是：《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本圖形外，師兄還會(huì)給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、?；鶊D、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來(lái)吧！
第一章：快速探索數(shù)據(jù)
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箱式圖：
- 同樣可以用plot來(lái)畫(huà)：
#使用plot（）函數(shù)，當(dāng)x為因子變量（與數(shù)值變量對(duì)應(yīng)時(shí)），默認(rèn)繪制箱線圖 ToothGrowth <- ToothGrowth plot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len) #使用公式語(yǔ)法 boxplot(len ~ supp, data = ToothGrowth) #在x軸引入兩變量的交互 boxplot(len ~ supp + dose,data = ToothGrowth)
箱線圖01.png
箱線圖02.png
- 使用qplot
#用qplot()繪制箱線圖
qplot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len,geom = "boxplot")
#使用三個(gè)獨(dú)立的向量參數(shù)
qplot(interaction(supp,dose),len,data = ToothGrowth,geom = "boxplot")
箱線圖03.png
箱線圖04.png
- 使用ggplot2
#等價(jià)于
ggplot(data = ToothGrowth,mapping = aes(x=supp,y=len)) + geom_boxplot()
#等價(jià)于
ggplot(data = ToothGrowth,mapping = aes(x=interaction(supp,dose),y=len)) + geom_boxplot()
箱線圖05.png
箱線圖06.png
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函數(shù)圖像：
- 使用curve（）函數(shù)繪制
#使用curve（）函數(shù)繪制，傳入一個(gè)關(guān)于變量x的表達(dá)式 curve(x^3 - 5*x,from = -4,to = 4) #自定義函數(shù)圖像 my_fun <- function(xvar){ 1/(1 + exp(-xvar + 10)) } curve(my_fun(x),from = 0, to = 20) # 原有基礎(chǔ)上再加一條線； curve(1 - my_fun(x),add = TRUE,col = "red")
函數(shù)01.png
- 使用ggplot2
#等價(jià)于
ggplot(data.frame(x=c(0,20)),aes(x=x)) + stat_function(fun = my_fun,geom = "line")
函數(shù)02.png
