零代碼GO富集分析—一張圖展示BP,MF,CC

小編前面給大家詳細介紹了

?GO和KEGG富集分析視頻講解

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖,氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖

當然主要用到的是R語言來做富集分析和可視化。有小伙伴反映沒有R基礎,能不能做出發(fā)表級的GO和KEGG富集分析圖。

沒有R基礎可以學習嘛

?R語言入門-工欲善其事必先利其器

?R語言書單:從入門到進階都在這!

當然不愿意學,也是可以做出發(fā)表級圖片的。小編前面也用了好幾期的內容來給大家分享如何零代碼做GO和KEGG富集分析,主要用到的是DAVID這個網(wǎng)頁工具,并且零代碼展示GO和KEGG富集分析的結果,主要用到的是Excel。

1.基因富集工具DAVID介紹(一)-基因ID轉換
2.基因富集工具DAVID介紹(二)-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介紹(三)-零代碼展示KEGG富集結果
4.基因富集工具DAVID介紹(四)-GO富集分析及柱形圖展示

5.零代碼GO富集分析—柱形圖同時展示BP,MF,CC,KEGG

你看下面這篇文章,發(fā)表在scientific reports上。雖然被稱為四大水刊之一,但是也毫不影響人家的影響因子上4.380。

下面就是這篇文章中的GO和KEGG富集分析圖,眼尖的小伙伴應該一眼就能看出是用Excel畫出來的。

上面這張figure分了四張柱形圖來分別展示BP,CC,MF和KEGG,這種方法小編在下面這個視頻中已經(jīng)詳細介紹過了

?零代碼GO富集分析—柱形圖同時展示BP,MF,CC,KEGG

可能有小伙伴會說,有些文章里面用到的是下面這種展示方法,BP,CC和MF在同一張圖里面展示,分別用不同的顏色來區(qū)分。其實如果仔細看過小編前幾期視頻內容的小伙伴,應該能自己做出這張圖來。如果搞不定的,可以參考文末視頻。

零代碼GO富集分析—一張圖展示BP,MF,CC

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