WEGO是華大基因公司的一個在線GO注釋的網(wǎng)站，根據(jù)網(wǎng)站的介紹：WEGO(網(wǎng)絡基因本體注釋圖)是一個簡單但有用的工具，用于可視化，比較和繪制基因本體注釋結(jié)果。隨著圍棋詞匯越來越流行，WEGO在許多研究中被廣泛采用和使用，最新一次的更新是在2018年
地址： http://wego.genomics.org.cn/
GO簡介
所謂的基因本體論Gene Ontology（GO），是生物學功能注釋的一個標準詞匯表術語，目的就是將特定的基因產(chǎn)物(蛋白質(zhì)、非編碼RNA或大分子復合物，為簡單起見，我們通常將其稱為“基因”)與特定的本體術語關聯(lián)起來的基于證據(jù)的陳述基因本體論定義了一系列與基因功能相關的概念(“GO terms”)，以及這些功能之間是如何相互關聯(lián)的(“關系”)。隨著生物知識和數(shù)據(jù)庫的不斷更新，它不斷地被修訂和擴充。GO注釋可以從三個方面描述功能:分子功能Molecular Function(由基因產(chǎn)物執(zhí)行的分子水平活動)、細胞成分Cellular Component(基因產(chǎn)物執(zhí)行功能的相對于細胞結(jié)構(gòu)的位置)和生物過程Biological Process(由多個分子活動完成的較大過程或“生物程序”)。其實大多文獻中生物過程的注釋結(jié)果一般比較常用。
Wego使用
wego的使用很簡單，該網(wǎng)站最常用的倆個圖就是主頁上顯示的這倆個，使用前建議大家先去看下官網(wǎng)上的Documentation文檔。點進去之后會有個快速指引的文檔，大致介紹了WEGO輸入，使用，輸出，查詢等。
首先看下WEGO的輸入文件格式：
就是第一列基因ID，后面的對應的GO號，如果有多個GO號就以Tab分割，沒有GO注釋的基因就顯示空白，我們在Input of WEGO部分會發(fā)現(xiàn)一個下載demo數(shù)據(jù)的鏈接here，我們先下載示例數(shù)據(jù)到本地上傳WEGO中去演示一下，這里下載后會有倆個文件demo1和demo2。此時我們返回到主頁上，直接將剛剛下載的文件拖到圖中灰色框中，注意選擇文件的格式與數(shù)據(jù)庫的版本，然后點擊Submit即可。
我們稍等一會，會看到網(wǎng)站出現(xiàn)以下結(jié)果，首先會看到Summary的一個總結(jié)表，統(tǒng)計了倆個文件基因的注釋基因，分別注釋到了生物進程，分子功能，細胞成分三個部分的基因數(shù)目和總的基因數(shù)目，往下看就是一個GO Tree，對應的是每層 的GO注釋信息，可以選擇Show Go Level選擇注釋等級，對于這塊內(nèi)容大家去看文檔說明有一part是專門說GO Tree的。
最主要的內(nèi)容當然是Graph圖形部分了，我們點擊之后，看到倆種形式的圖，看到第一個圖有沒有很熟悉的感覺，沒錯這種圖在生信公司的結(jié)題報告中經(jīng)常出現(xiàn)，我們把demo1和demo2文件換成轉(zhuǎn)錄組分析中的差異基因上調(diào)和下調(diào)的注釋文件，之后這圖就可以表示為上下調(diào)基因在GO三個部分中的注釋情況了。顏色及名字可以自定義，保存的話對應有svg,png,jepg三種格式，根據(jù)需要保存即可。
其他問題
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注意一點，一般公司給的注釋表中都會給這種形式的，復制到記事本里，把分隔符換成Tab分割，NA都替換為空值即可，這點大家應該都會的，總之是要確保和輸入文件的格式一致，上傳文件時候選擇Native Format格式即可。
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頁面中還有個Tools的功能也挺常用的，如果想快速知道某GO號對應的功能，這個功能也是不錯的選擇。
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引用文章(WEGO):
Ye J, Fang L, et al. Nucleic. Acids Res., 2006, 34(Web service issue), 293-297.
Ye J, Zhang Y, et al. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W71-W75.
