ATAC下游分析所用工具

閱讀文獻(xiàn)Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type-specific transcription factor networksATAC數(shù)據(jù)處理完之后下游所用工具

1.deeptools可視化畫熱圖，所用子命令bamcoverage和comuterMatix

2.對THSs（超敏感位點）進(jìn)行peakcalling：Homer，F(xiàn)indpeaks

3.THSs基因組的分布：PAVIS（在線網(wǎng)絡(luò)工具）

4.對于富含特定細(xì)胞類型的TS，HTseq的htseq-count或Deseq2(p值<=0.05)

5.對轉(zhuǎn)錄因子的基序分析：RAST，DREME，MEME

6.將THSs分配給附近的基因：PeakAnnotator：TSS

7.蛋白相互作用分析：STRING

8.定義轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測結(jié)合位點：FIMO

9.基因本體分析：AgriGO，GO Analysis Toolkit

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