發(fā)簡(jiǎn)信
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fastq文件隨機(jī)取樣問題(適于大數(shù)據(jù))
3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數(shù)據(jù)量 涉及到fastq文件(大約13個(gè)g)隨機(jī)取樣，看的文獻(xiàn)用的seqkit...
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compare腳本
最近因?yàn)檫\(yùn)行軟件腳本丟失，所以決定以后存到網(wǎng)上，此腳本是比較fastq文件是否相同的行數(shù)序列相同 import gzip from dateti...
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ATAC下游分析所用工具
閱讀文獻(xiàn)Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and m...
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用python分割fastq文件的腳本（自寫）
嘮嘮叨叨： 因?yàn)樘幚鞟TAC-seq的原始fastq數(shù)據(jù)太大（已知GEO號(hào)在ncbi上下載），所以被老師要求用python編程分割fastq腳本...
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python編程學(xué)習(xí)之路
最近導(dǎo)師逼著開始學(xué)編程，沒辦法，只能一點(diǎn)點(diǎn)啃了，有時(shí)間記錄下我寫的簡(jiǎn)單python小程序，哈哈，我比較懶，先開個(gè)貼 python需要練習(xí)，看別人...
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使用deeptools畫熱圖和平均圖ATAC后續(xù)可視化生成的熱圖和平均圖可以用R包進(jìn)行繪制，我這里選的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能...
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仿照別人做Arabidopsis的基因注釋先傳一些過程圖，后期編文字 AnnotationHub的數(shù)據(jù)來源 AnnotationHub下載所需信息
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R安裝Bioconductor我看的一些安裝Bioconductor都是用 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") bio...
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ATAC-seq小記
最近一直在探索ATAC-流程，之前疫情在家的時(shí)候跟著練習(xí)了WGS和JCVI流程，有一個(gè)一個(gè)軟件練習(xí)下來的， 也有借著腳本出圖的 ATAC-seq...