seqtk的R1和R2的seed需要設置相同的數目
fastq文件隨機取樣問題(適于大數據)3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數據量 涉及到fastq文件(大約13個g)隨機取樣,看的文獻用的seqkit,但我試了幾次并沒有取到3M的...
seqtk的R1和R2的seed需要設置相同的數目
fastq文件隨機取樣問題(適于大數據)3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數據量 涉及到fastq文件(大約13個g)隨機取樣,看的文獻用的seqkit,但我試了幾次并沒有取到3M的...
3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數據量 涉及到fastq文件(大約13個g)隨機取樣,看的文獻用的seqkit,但我試了幾次并沒有取到3M的...
-S中*.bw就是同時多個文件了
使用deeptools畫熱圖和平均圖ATAC后續(xù)可視化生成的熱圖和平均圖可以用R包進行繪制,我這里選的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安裝是用c...
最近因為運行軟件腳本丟失,所以決定以后存到網上,此腳本是比較fastq文件是否相同的行數序列相同 import gzip from datetime import datet...
閱讀文獻Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells ...
基因組組裝完成后,或者是完成了草圖,就不可避免遇到一個問題,需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型,有三種策略: 從頭注釋(de novo prediction...
嘮嘮叨叨: 因為處理ATAC-seq的原始fastq數據太大(已知GEO號在ncbi上下載),所以被老師要求用python編程分割fastq腳本,其實用軟件seqkit就可以...
最近導師逼著開始學編程,沒辦法,只能一點點啃了,有時間記錄下我寫的簡單python小程序,哈哈,我比較懶,先開個貼 python需要練習,看別人寫的代碼和自己打印到電腦屏幕里...
ATAC后續(xù)可視化生成的熱圖和平均圖可以用R包進行繪制,我這里選的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安裝是用c...
我看的一些安裝Bioconductor都是用 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("包名字") 但是...
這一次,我們來聊聊基因組注釋。首先問自己一個問題,為什么要進行基因注釋。就我目前而言,它用來解決如下問題: 在mapping-by-sequencing的時候,我找到了一些可...
最近一直在探索ATAC-流程,之前疫情在家的時候跟著練習了WGS和JCVI流程,有一個一個軟件練習下來的, 也有借著腳本出圖的 ATAC-seq練習到找peaks的步驟,因為...