seqtk的R1和R2的seed需要設置相同的數目
fastq文件隨機取樣問題(適于大數據)3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數據量 涉及到fastq文件(大約13個g)隨機取樣，看的文獻用的seqkit，但我試了幾次并沒有取到3M的...
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fastq文件隨機取樣問題(適于大數據)
3M的reads是指3000000的read num 1G是指總的數據量 涉及到fastq文件(大約13個g)隨機取樣，看的文獻用的seqkit，但我試了幾次并沒有取到3M的...
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-S中*.bw就是同時多個文件了
使用deeptools畫熱圖和平均圖
ATAC后續(xù)可視化生成的熱圖和平均圖可以用R包進行繪制，我這里選的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安裝是用c...
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compare腳本
最近因為運行軟件腳本丟失，所以決定以后存到網上，此腳本是比較fastq文件是否相同的行數序列相同 import gzip from datetime import datet...
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ATAC下游分析所用工具
閱讀文獻Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells ...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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用python分割fastq文件的腳本（自寫）
嘮嘮叨叨： 因為處理ATAC-seq的原始fastq數據太大（已知GEO號在ncbi上下載），所以被老師要求用python編程分割fastq腳本，其實用軟件seqkit就可以...
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python編程學習之路
最近導師逼著開始學編程，沒辦法，只能一點點啃了，有時間記錄下我寫的簡單python小程序，哈哈，我比較懶，先開個貼 python需要練習，看別人寫的代碼和自己打印到電腦屏幕里...
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浙江大學八年制醫(yī)學生
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R安裝Bioconductor我看的一些安裝Bioconductor都是用 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("包名字") 但是...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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公眾號：「謝偉」<br><br>唯有深入，才能淺出。<br><br><br>Github: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fwuxiaoxiaoshen" target="_blank">https://github.com/wuxiaoxiaoshen</a><br><br>Bilibili: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fspace.bilibili.com%2F10056291%2F%23%2F" target="_blank">https://space.bilibili.com/10056291/#/</a><br><br>知乎：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fwu-xiao-shen-16" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/wu-xiao-shen-16</a><br>
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor對基因組注釋
這一次，我們來聊聊基因組注釋。首先問自己一個問題，為什么要進行基因注釋。就我目前而言，它用來解決如下問題： 在mapping-by-sequencing的時候，我找到了一些可...
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ATAC-seq小記
最近一直在探索ATAC-流程，之前疫情在家的時候跟著練習了WGS和JCVI流程，有一個一個軟件練習下來的， 也有借著腳本出圖的 ATAC-seq練習到找peaks的步驟，因為...
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