操作系統(tǒng)：win10
R版本：R-3.3.3

前期準(zhǔn)備

安裝pandoc

下載鏈接：https://pan.baidu.com/s/1nvMA1Rz (感謝 @喬布斯的同學(xué))

雙擊下載的程序包，進(jìn)行安裝。

命令提示符中輸入 pandoc --version 檢查安裝是否成功

安裝 networkD3 包

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

> biocLite("networkD3")

繪制基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖

力導(dǎo)向圖可用于顯示復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，這里我們用來繪制簡單的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖。

代碼如下

> genelinks <- read.table("genelinks.txt", sep="\t", header=T)
> genenodes <- read.table("genenodes.txt", sep="\t", header=T)
    #讀入兩個(gè)數(shù)據(jù)文件，文件內(nèi)容及格式見下面

> head(genelinks)
        source target value   col
    1      1      0     2   red
    2      2      0     2   red
    3      4      0     2   red
    4      3      3     2 green
    5      4      2     2 green
    6      5      1     2 green

> head(genenodes)
        name group
    1  Gene1  gene
    2  Gene2  gene
    3    TF1    TF
    4 miRNA1 miRNA
    5 miRNA2 miRNA
    6  Gene3  gene

> output <- forceNetwork(Links=genelinks, Nodes=genenodes, Source="source", Target="target", linkColour=genelinks$col, Value="value", NodeID="name", fontSize=20, Group="group", opacity=0.8, zoom=TRUE, arrows=TRUE, opacityNoHover=0.7, legend=TRUE, height=600, width=600)
    #繪圖

> saveNetwork(output, "output.html", selfcontained=TRUE)
    #圖像保存

結(jié)果展示（這里截取靜態(tài)圖，實(shí)際繪制結(jié)果為動(dòng)態(tài)圖）

output.jpg

參數(shù)詳解

output <- forceNetwork(Links=genelinks, #讀入基因之間的關(guān)系列表，基因以數(shù)字為編號，從0開始；value可用來設(shè)置基因間連線的寬度
                       Nodes=genenodes, #基因信息，以對應(yīng)編號的大小排序
                       Source="source", #指定Links文件中的源節(jié)點(diǎn)
                       Target="target", #指定Links文件中的靶節(jié)點(diǎn)
                       linkColour=genelinks$col, #指定連線的顏色，默認(rèn)為單一顏色，這里用紅、綠色分別表示某一基因?qū)Π谢虻恼?、?fù)調(diào)控關(guān)系
                       Value="value", #設(shè)定基因間連線的寬度
                       NodeID="name", #指定節(jié)點(diǎn)顯示的標(biāo)簽
                       fontSize=20, #設(shè)定節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽的字號，單位為像素
                       Group="group", #對節(jié)點(diǎn)進(jìn)行分組，這里可根據(jù)基因的功能進(jìn)行分組，配置不同顏色
                       opacity=0.8, #指定圖像的不透明度
                       zoom=TRUE, #是否允許圖像縮放
                       arrows=TRUE, #連線是否添加箭頭，顯示方向
                       opacityNoHover=0.7, #鼠標(biāo)懸停前，節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽的不透明度
                       legend=TRUE, #是否顯示圖例
                       height=600, #設(shè)置圖像高度
                       width=600 #設(shè)置圖像寬度
                       )

附
NetworkD3 包的完整說明 networkD3 package