Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE72815_series_matrix.txt.gz'，"
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 1 did not have 6 elements
你在導(dǎo)入文件的時(shí)候是不是也經(jīng)常遇到這種報(bào)錯(cuò)呢？
這個(gè)文檔特指在導(dǎo)入GEO的GSE****_series_matrix.txt.gz 時(shí)候，我就是，面對(duì)著這個(gè)文件內(nèi)的一些東西頭疼的很，剛開(kāi)始學(xué)GEO的時(shí)候，老師搞不定。
但是現(xiàn)在有一些竅門(mén)了。
這種文件有一個(gè)竅門(mén)。假如你下載下來(lái)有幾M，那么你的表達(dá)譜數(shù)據(jù)也大概率在里面。
這種數(shù)據(jù)是GEO的一個(gè)特定格式，有一個(gè)函數(shù)可以特定的讀取的
library(GEOquery)
gse_number = "GSE72815"
gset = getGEO(gse_number,destdir = 'Referdatacounts/',getGPL = F) #記得把文件地址改了，改成你的
gse72815=exprs(gset[[1]])
這樣子是讀取本地的，你也可以把其余參數(shù)去掉，只剩下GSE號(hào)碼，這樣的話(huà)就是下載數(shù)據(jù)了。但是大數(shù)據(jù)不推薦，下載的太慢了。
還有一種情況，你下載了，但是里面沒(méi)有表達(dá)矩陣。
你就遇到了這種的表達(dá)矩陣
一讀就報(bào)錯(cuò)，誒這個(gè)不典型，換一個(gè)
行吧，這個(gè)也不典型，都是倆csv，直接read.csv就行了
我想告訴你的是，你可以
他就直接給你了代碼，可以直接復(fù)制，然后，不用再一個(gè)一個(gè)的調(diào)參數(shù)讀取了，很方便吧
快去試試吧
