發(fā)簡信
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gseKEGG和enrichKEGG的差別
clusterProfiler 是一個在 R 語言中用于功能注釋分析和可視化的強大工具。它提供了多種方法來分析和解釋高通量生物學(xué)數(shù)據(jù)集。gseK...
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使用GeneSet 生成GeneSetCollection 基因集對象
代碼來自曾老師的某乎推文 《對象何必到處亂找，自己創(chuàng)造即可》使用的時候老報錯，就給他分解了一下，查找了原因，解決了一下。主要的代碼就是 Gene...
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處理報錯：ggplot2折線圖報錯，不出折線，沒有線，成點圖了？! Do you need to adjust the group aesthetic?師姐讓畫一個關(guān)于動物體重隨時間變化的折線圖，不會用prism，所以就用R ggplot2 去畫函數(shù)代碼很簡單ggplot(dat_se, aes...
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GEO RAW.tar ‘原始數(shù)據(jù)?’ 讀取，獲得表達(dá)矩陣。最近在下載GEO數(shù)據(jù)的時候，下載到了一個這個，GSE41789_RAW， 下載后的數(shù)據(jù)是一個壓縮包，解壓縮后 是這個樣子的。 第一次使用這種數(shù)據(jù)...
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將文件導(dǎo)入R 新手村任務(wù) 導(dǎo)入R 一大門檻Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE7...
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小函數(shù)收集
base包的 Signif 函數(shù)用于保留向量/numeric 的小數(shù)點位數(shù)用法：Signif(x, digits = 4, force = TR...
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人鼠基因名同源轉(zhuǎn)換首先可以直接大小寫轉(zhuǎn)換： 但是這樣還是存在很多例如 TP53 和 小鼠的Trp53直接轉(zhuǎn)換后不對應(yīng)的問題。于是考慮到要同源轉(zhuǎn)換。但是看了很...
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pheatmap 熱圖雙層標(biāo)簽前段時間在學(xué)習(xí)的時候看到了簡書更新，覺得小明哥的這種做法稍顯復(fù)雜，作為R小白，我之前一直在用pheatmap做熱圖，所以覺得做這種圖片還是熱圖來...
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根據(jù)熱圖刪基因 pheatmap 2.0
根據(jù)熱圖刪基因 pheatmap - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/f6bb27d7f1...