clusterProfiler 是一個(gè)在 R 語(yǔ)言中用于功能注釋分析和可視化的強(qiáng)大工具。它提供了多種方法來(lái)分析和解釋高通量生物學(xué)數(shù)據(jù)集。gseKEGG 和 enrichKEG...
clusterProfiler 是一個(gè)在 R 語(yǔ)言中用于功能注釋分析和可視化的強(qiáng)大工具。它提供了多種方法來(lái)分析和解釋高通量生物學(xué)數(shù)據(jù)集。gseKEGG 和 enrichKEG...
代碼來(lái)自曾老師的某乎推文 《對(duì)象何必到處亂找,自己創(chuàng)造即可》使用的時(shí)候老報(bào)錯(cuò),就給他分解了一下,查找了原因,解決了一下。主要的代碼就是 GeneSetCollection()...
各位看官老爺們大家好,俗話說(shuō),萬(wàn)丈高樓平地起,今天就帶大家學(xué)習(xí)下生物信息學(xué)習(xí)過(guò)程經(jīng)常用到的最基礎(chǔ)但也是最實(shí)用的一些linux命令,當(dāng)你的小伙伴們還在使用鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)的時(shí)候,你只...
寫的真好
【生信實(shí)戰(zhàn)】只會(huì)GO/KEGG,何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行富集分析REACTOME 是一個(gè)開(kāi)源、放開(kāi)、人工整理并經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化、可解釋的分析,以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究、基因組分析、建模、系統(tǒng)生物學(xué)等。 ...
REACTOME 是一個(gè)開(kāi)源、放開(kāi)、人工整理并經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化、可解釋的分析,以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究、基因組分析、建模、系統(tǒng)生物學(xué)等。 ...
師姐讓畫一個(gè)關(guān)于動(dòng)物體重隨時(shí)間變化的折線圖,不會(huì)用prism,所以就用R ggplot2 去畫函數(shù)代碼很簡(jiǎn)單ggplot(dat_se, aes(x=time, y=weig...
最近在下載GEO數(shù)據(jù)的時(shí)候,下載到了一個(gè)這個(gè),GSE41789_RAW, 下載后的數(shù)據(jù)是一個(gè)壓縮包,解壓縮后 是這個(gè)樣子的。 第一次使用這種數(shù)據(jù)有些一籌莫展,不知道怎么去讀取...
你可真是個(gè)小可愛(ài)!?。?!
使用wget下載GEO數(shù)據(jù)我們有時(shí)需要下載GEO數(shù)據(jù),使用getGEO的話比較麻煩,特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個(gè)文件時(shí)。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接,使用wget下載時(shí),卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁(yè)。 經(jīng)過(guò)我...
我們有時(shí)需要下載GEO數(shù)據(jù),使用getGEO的話比較麻煩,特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個(gè)文件時(shí)。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接,使用wget下載時(shí),卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁(yè)。 經(jīng)過(guò)我...
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先附上學(xué)習(xí)連接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg這個(gè)問(wèn)題之前也遇到過(guò),在此搬個(gè)小板凳來(lái)學(xué)習(xí)學(xué)習(xí) 數(shù)據(jù)下載 由于...