linux環(huán)境下的軟件安裝

1. 軟件管理Miniconda

   
   
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   圖片來自生信星球

2. 如何將miniconda下載到服務(wù)器上
   ①百度/谷歌搜索“miniconda 清華”，找出miniconda

②查看服務(wù)器：輸入命令uname-a

③進(jìn)入昨天設(shè)置的目錄：cd ~/biosoft

④miniconda下載代碼wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

微信圖片_20220504153922.jpg

⑤miniconda安裝
輸入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
回車鍵跳過版權(quán)信息
“Do you accept the license terms? [yes|no]”重要節(jié)點(diǎn)，操作見下圖：

微信圖片_20220504154340.png

安裝成功：

微信圖片_20220504154436.png

微信圖片_20220504154615.png

⑥添加鏡像
把下面的代碼全部復(fù)制到命令行，粘貼、回車（注意理解代碼的意思有什么用？）

微信截圖_20220504154804.png

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3. conda使用
   ① conda list查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
   
   微信圖片_20220504155235.jpg
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②conda install fastqc -y安裝軟件
默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本
如果要指定版本號(hào)，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

微信圖片_20220504155425.jpg

③ 確認(rèn)fastqc軟件是否安裝成功
輸入fastqc --help,出現(xiàn)幫助信息說明安裝成功

微信圖片_20220504155541.png

④ 卸載軟件 conda remove fastqc -y

4. congda環(huán)境
   

   ①```conda info --envs````查看環(huán)境 (前面帶*的就是默認(rèn)的)
   微信圖片_20220504155713.png
   圖片來自生信星球

② 建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

微信圖片_20220504155900.jpg

③ 查看conda環(huán)境
conda info --envs

微信圖片_20220504155958.jpg

④激活新的conda環(huán)境
conda activate rna-seq
測(cè)試新環(huán)境fastqc，出現(xiàn)說明信息，證明成功
退出當(dāng)前環(huán)境conda deactivate

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感謝生信星球?qū)W習(xí)小組