linux軟件安裝
首先需要理解的是linux是沒有圖形可視化界面的，要安裝軟件，其實也需要借助軟件商店，conda 就是軟件商店，所以今天的內(nèi)容主要有兩點
1. 下載conda
-
Miniconda是精華版，日常生信足夠使用
來自生信星球 - 如何下載
首先點擊清華大學(xué)開源軟件鏡像站，找到圖中鏈接，點擊，
image.png
根據(jù)自己電腦類型選擇不同下載鏈接
uname -a查看自己電腦服務(wù)器類型
image.png
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh這個是我電腦的安裝鏈接
服務(wù)器定位到目標(biāo)文件夾 - 開始安裝
服務(wù)器中輸入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
接下來輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后就會跳出很長的版權(quán)信息，會很長很長，不要害怕，一直enter就好，中間跳出指令你再根據(jù)下圖輸入
來自生信星球
image.png
然后應(yīng)該就可以了
來自生信星球
最后的最后，要激活
輸入source ~/.bashrc
再輸入conda,見到很多信息，恭喜你，可以啦
2. 利用conda管理軟件
- 首先要利用鏡像，畢竟國內(nèi)下載軟件速度，你懂得
輸入conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes - 然后查看當(dāng)前所有軟件列表
conda list - 搜索軟件(以fastqc)
conda search fastqc - 安裝軟件(加上-y是自動安裝)
conda install fastqc -y - 卸載軟件
conda remove fastqc -y
今天的選修內(nèi)容
conda環(huán)境創(chuàng)建
為什么要有不同的conda環(huán)境呢？嗯，簡單來說就是你可以同時擁有不同版本的同一軟件，具體更深的自己百度吧
- 查看當(dāng)前conda環(huán)境(前面會有*號顯示)：
conda info --envs - 新建conda環(huán)境：
conda create -n python2 python=2.7 - 激活conda環(huán)境（可以看到*發(fā)生了變化）：
conda activate python2 - 退出當(dāng)前環(huán)境：
conda deactivate python2 - 有點厲害的代碼（同時設(shè)置環(huán)境和下載軟件）：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
今天的思維導(dǎo)圖
思維導(dǎo)圖
