生物信息學(xué)發(fā)展迅猛，公共數(shù)據(jù)庫中存放著海量的數(shù)據(jù)，如何利用這些公共數(shù)據(jù)結(jié)合自己的實(shí)驗(yàn)發(fā)一篇SCI？基因家族分析無疑是個(gè)低投入、高產(chǎn)出的好選擇。今天我們就拿2018年發(fā)表的一篇文獻(xiàn)跟大家聊聊這類文章是怎么做的?。ㄎ哪┯幸曨l教程）
縱觀全文，其主要的分析內(nèi)容包含了常規(guī)的基因家族流程分析、轉(zhuǎn)錄組表達(dá)量分析及熒光定量PCR分析，文章刊發(fā)在2018的《BMC Genomics》（IF為3.7）上，下面是文章解讀：
文章標(biāo)題：
摘要：
分析的主要內(nèi)容：
1、通過HMM搜索然后確定包含ACD domain的序列，并且分子量在15–42kDa范圍之內(nèi)，鑒定到48個(gè)馬鈴薯Hsp20基因家族成員。
2、分析了Hsp20基因家族成員在進(jìn)化上的關(guān)系，構(gòu)建進(jìn)化樹時(shí)添加了水稻、大豆、水稻、楊樹的Hsp20基因并且將StHsp20-29去掉（與其他序列的差異太大），進(jìn)化樹分成了12個(gè)亞族。
3，Hsp20 基因結(jié)構(gòu)，將基因結(jié)構(gòu)與進(jìn)化樹及motif匯整了一張圖片。
4、繪制基因在染色體的位置圖，有的基因在染色體組成了基因簇。
5、與脅迫相關(guān)的啟動(dòng)子區(qū)域順式作用元件預(yù)測(cè)，利用在線工具（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）搜索了Hsp20基因家族成員啟動(dòng)子區(qū)域的順式作用元件，發(fā)現(xiàn)StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一種與脅迫相關(guān)順式元件。
6、利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)對(duì)Hsp20基因家族成員進(jìn)行表達(dá)分析，除了StHsp20-2和StHsp20-45之外的基因在各種組織和器官中均有表達(dá)。
7、利用RT-PCR分析StHsp20基因在熱、鹽及干旱脅迫條件下的表達(dá)， 14個(gè)Hsp20基因（StHsp20-4,6,7,9,20,21,33,34,35,37,41,43,44和46）在熱應(yīng)激的相對(duì)表達(dá)水平顯著上調(diào)（超過100倍）。
如果您也有類似的實(shí)驗(yàn)材料，也想做相關(guān)的分析，可以通過下方鏈接進(jìn)入學(xué)習(xí)，適合生信基礎(chǔ)較弱同學(xué)。
參考文獻(xiàn)：
Zhao P, Wang D, Wang R, et al. Genome-wide analysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61.
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