12年有篇BMC的文獻(xiàn)對幾款預(yù)測的軟件做了評估，其實(shí)參考大多數(shù)的文獻(xiàn)中最常見的倆個(gè)軟件也就是Prodigal和Metagenemark這倆個(gè)軟件，分析過程中我這倆個(gè)軟件都感受一下，現(xiàn)在將過程記錄一下~~有興趣的話可以看看這篇文獻(xiàn)哦

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MetageneMark

安裝地址

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選擇圖中該版本，下面紅*的選項(xiàng)填寫完畢后，點(diǎn)擊下方agree

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跳出來該頁面后，就可以選擇下載了，上面是軟件，下面是個(gè)64位的key，也需要下載，這個(gè)key會有期限，時(shí)間到了再進(jìn)該網(wǎng)站重新下載下即可，我們將其放在軟件目錄下

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    gunzip gm_key64.gz
    mv gm_key64 gm_key (重命名)
    拷貝權(quán)限：cp gm_key ~/.gm_key

現(xiàn)在就可以使用了，就是gmhmmp這個(gè)軟件，用軟件前先看下它的幫助文檔，了解下參數(shù)的意義，我常用的命令行如下

gmhmmp -a -d  -m MetaGeneMark_v1.mod final.contigs.fa  -A protein.fasta -D nucleotide.fasta

-A 輸出蛋白 -D輸出CDS核酸序列，另外還有-f 可以控制輸出gff文件，請自行了解.

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感覺這個(gè)軟件輸出的結(jié)果不太友好，一是fa文件的ID有太多沒用的信息，二是每個(gè)基因上的不同CDS名字竟然一樣，至少給個(gè)1、 2區(qū)分一下吧，這里我想到了最近學(xué)的一個(gè)大神寫的軟件seqkit里的rename，大家可以去看下這個(gè)軟件教程，地址里面的各個(gè)子軟件真的能幫助走不少的彎路。先操作一下：

less F1_genemark.txt |sed '/^$/d;s/.*\t//g;s/ .*//g'|seqkit rename|sed 's/ .*//' |less

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這樣看上去就好多了，但是強(qiáng)迫癥的我發(fā)現(xiàn)每個(gè)基因的第一個(gè)ID后面沒有_1,只是從第二個(gè)相同的ID后開始加上了_2,3標(biāo)識符進(jìn)行了區(qū)分，所有我就寫了個(gè)python小腳本改動(dòng)一下，很簡單思路就是ID里面如果只有一個(gè)符號的，ID后面加個(gè)1，^^shell還不是太精，如果有啥方法直接shell后面加幾句改的話，可以告訴我?？傊詈髽幼泳褪沁@樣

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Prodigal