在序列比對的過程中,常常需要將核苷酸序列轉(zhuǎn)換為氨基酸序列,比對氨基酸是否有所突變。方法有很多,我常用的一種是通過SnapGene軟件轉(zhuǎn)換。操作如下:
1.需要準(zhǔn)備一條目的基因序列(fasta格式),通過SnapGene軟件打開。點(diǎn)擊Map選項(xiàng)卡,選中CDS的區(qū)域(如果這個文件為cds序列,則全部選中;若cds是片段,則選中cds的片段部分)

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2.點(diǎn)擊上方feature-Add feature,給CDS區(qū)域加上feature;

feature
3.設(shè)置feature,點(diǎn)擊Type-CDS-OK,設(shè)置完畢;

feature
4.點(diǎn)擊Action-Make protein,得到氨基酸序列;

make protein
5.點(diǎn)擊Sequence即是需要氨基酸的序列,可以保存為prot文件,也可以復(fù)制保存為fasta格式文件

protein序列