問題

運(yùn)行meme-suite軟件里的命令后，沒有正確運(yùn)行生成結(jié)果，給出以下錯誤

Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
FATAL: Template does not contain data section.

具體問題，我不清楚是什么造成的，或許某些依賴缺少，或許是meme-suite沒有正確的安裝成功吧。我在網(wǎng)上搜索，并沒有很好的解決方法，大致都是重裝之類的。這里總結(jié)一些方案，供大家參考吧。

解決方案

docker鏡像

首先，建議大家直接使用meme-suite 的docker 鏡像吧， 與其折騰這個錯誤，不如早點(diǎn)用鏡像完成現(xiàn)有工作才是重點(diǎn)??
不過要是沒用過docker的，又要去折騰docker也是個麻煩事。。。

conda 安裝

conda 創(chuàng)造一個新環(huán)境來安裝meme-suite, 這個方案也是參考，反正對我沒什么用。。。

conda install -c bioconda meme

conda+官方安裝指南

參考Centrimo error: Template does not contain data section (biostars.org)， 也是用作參考，在我服務(wù)器上沒用，但或許對你們的機(jī)器上有用

利用conda 安裝meme-suite的一些依賴軟件

- python >=3.0
- perl =5.22.0.1
- zlib
- ghostscript
- perl-xml-parser
- perl-yaml
- perl-xml-simple
- perl-html-template
- perl-cgi
- perl-html-parser
- perl-html-tree
- perl-math-cdf
- perl-log-log4perl
- perl-json
- perl-file-which

在conda環(huán)境下,安裝官方安裝指導(dǎo)，下載源碼編譯安裝

DIR=/full/path/to/your/installation/dir

rm -f meme-5.3.0.tar.gz
rm -rf meme-5.3.0

wget http://meme-suite.org/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz
tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz
rm meme-5.3.0.tar.gz
cd meme-5.3.0

./configure --prefix=$DIR --with-url=http://meme-suite.org --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make clean
make &> make.log
make test &> test.log || true
make install &> install.log

export PATH=$DIR/bin:$DIR/libexec/meme-5.3.0:$PATH
meme-chip -version
tomtom -version

docker的安裝指南

這是來源于meme-suite的 Dockerfile里的安裝步驟，這個對我有用，就是安裝時間有點(diǎn)長，
先安裝一些系統(tǒng)依賴軟件

apt-get update && apt-get install -y \
    libopenmpi-dev \
    openmpi-bin \
    ghostscript \
    libgs-dev \
    libgd-dev \
    libexpat1-dev \
    zlib1g-dev \
    libxml2-dev \
    autoconf automake libtool \
    libhtml-template-compiled-perl \
    libxml-opml-simplegen-perl \
    libxml-libxml-debugging-perl \
    sudo \
    openssh-server \
    wget \
    libxslt-dev

安裝perl依賴包

PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Log::Log4perl' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Math::CDF'  && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install CGI' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::PullParser' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::Template' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Parser::Expat' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::SOAP11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::WSDL11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::Transport::SOAPHTTP'

在官網(wǎng)下載好源碼，編譯安裝

tar zxf meme-5.4.1.tar.gz
cd meme-5.4.1
./configure --prefix=$HOME/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install

注意關(guān)注下make test的終端輸出, 要是前面是FAIL 則，說明測試不通過，最后安裝后，對應(yīng)命令還是可能用不了的。

image.png

參考

https://meme-suite.org/meme/doc/install.html
https://github.com/pscedu/singularity-meme-suite/blob/master/5.4.1/Dockerfile
https://www.biostars.org/p/401084/