Karaiskos N, Wahle P, Alles J, Boltengagen A, Ayoub S, Kipar C, Kocks C, Rajewsky N, Zinzen RP. The embryo at single-cell transcriptome resolution. Science 2017, 358: 194-199.
果蠅胚胎由約 6000 個(gè)細(xì)胞組成，表達(dá)不同的基因。在這里，我們使用單細(xì)胞測(cè)序精確分期的胚胎，并設(shè)計(jì)了 DistMap，一個(gè)接近單細(xì)胞分辨下，計(jì)算映射策略來重建胚胎和預(yù)測(cè)空間基因表達(dá)的算法。我們制作了一個(gè)虛擬胚胎，每個(gè)細(xì)胞有 8000 個(gè)表達(dá)基因，我們的交互式果蠅-虛擬表達(dá)-瀏覽器 (DVEX) 數(shù)據(jù)庫(kù)生成三維虛擬原位雜交并計(jì)算基因表達(dá)梯度。我們用 DVEX 揭示轉(zhuǎn)錄因子和長(zhǎng)鏈非編碼 RNA 的模式化表達(dá)，以及信號(hào)通路成分。早期胚胎發(fā)生過程中 Hippo 信號(hào)的空間調(diào)控揭示了異步細(xì)胞增殖的機(jī)制。我們的方法適用于生成其他復(fù)雜組織的轉(zhuǎn)錄組學(xué)藍(lán)圖
其實(shí)這是一個(gè)shiny程序；
- 1，選擇分群數(shù)量，同時(shí)以tsne圖展示
- 2 ，選擇基因在tsne圖上的表達(dá)情況
- 3 ， 擬合出來的胚胎三維圖形
我覺得這篇文章的亮點(diǎn)就在于他們結(jié)合原位雜交技術(shù)擬合的這個(gè)組織結(jié)構(gòu)，算是提供一種新的研究套路，這個(gè)和當(dāng)下的空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)合起來是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。
