cd c++
./configure --with-mt --prefix=/public/home/zhenboying/biosoft/RMBlast/rmblast --without-debug
后來發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)貌似有編譯完成的版本，遠(yuǎn)離編譯長命百歲啊，所以我決定去配置一下
官網(wǎng)http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
Prerequisites
- perl 版本perl 5.8.0 or higher installed 。
perl -v
我的是perl, v5.10.1滿足要求。
重新做：
- 因為rmblast編譯一直報錯，所以決定找找bindary 結(jié)果在ncbi官網(wǎng)找到了
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/rmblast/2.2.28/ncbi-rmblastn-2.2.28-x64-linux.tar.gz
解壓后添加環(huán)境變量直接使用。但是如果要讓RepeatModeler 調(diào)用，需要在文件夾中添加另外兩個程序：blastx和makeblastdb。系統(tǒng)中之前有裝過，我直接拷過來了。 - 然后下載trf單獨存在一個文件夾里面
3.下載perl編譯的版本https://github.com/rmhubley/RepeatMasker。 我的c編譯器一直有問題 ，經(jīng)常報錯，所以一般下載編譯好的或者其他編譯器做的。下載后解壓
下載Dfam.hmm數(shù)據(jù)庫:
cd RepeatMasker-master
cd Libraries
wget http://dfam.drg/help/tools/Dfam.hmm
tar -xvf Dfam.hmm.tar
ok!!!!
cd RepeatMasker-master
perl ./configure
按照要求輸入之前安裝的東西的相應(yīng)路徑
image.png
至于調(diào)用哪個程序好一點我再查查。。。。。
