前面給大家講解過(guò)GO和KEGG富集分析，以及柱形圖和氣泡圖展示富集分析結(jié)果。

? GO和KEGG富集分析視頻講解

? DAVID進(jìn)行GO/KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也給大家介紹了

? circleplot展示GO富集分析結(jié)果

? 【實(shí)戰(zhàn)】circleplot展示GO富集分析結(jié)果—附R代碼

? 【R語(yǔ)言】circleplot展示KEGG富集分析結(jié)果

上一期我們通過(guò)視頻給大家講解了，GO富集分析弦圖怎么看。

?GO富集分析弦圖怎么看

今天我們來(lái)給大家講解一下，GO富集分析弦圖怎么繪制。

#如果還沒(méi)有安裝GOplot這個(gè)包，先運(yùn)行下面一行進(jìn)行安裝
#如果已經(jīng)安裝，跳過(guò)下一行
BiocManager::install("GOplot")

#加載GOplot
library(GOplot)

#加載測(cè)試數(shù)據(jù)
data(EC)
#創(chuàng)建circ對(duì)象，EC$david為富集分析結(jié)果
#EC$genelist為差異表達(dá)分析結(jié)果
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)

#常見(jiàn)chord對(duì)象，EC$genes為需要展示的基因包含F(xiàn)C
#EC$process為需要展示的GO條目
chord <- chord_dat(circ, EC$genes, EC$process)

#創(chuàng)建pdf文件，保存弦圖
pdf("chord_demo.pdf",height = 14,width = 13)
#繪制弦圖
GOChord(chord,   #chord對(duì)象
        space = 0.02,  #右側(cè)色塊之間的間距
        gene.order = 'logFC',   #基因展示順序根據(jù)logFC來(lái)
        gene.space = 0.25,  #基因名字和色塊之間的距離
        gene.size = 5  #基因名字大小
        )
dev.off()

通過(guò)運(yùn)行上面的代碼，我們可以得到下面這張弦圖

繪制這張圖的關(guān)鍵，是需要將你的數(shù)據(jù)整理成這里需要的格式，包括四部分內(nèi)容。

1. GO富集分析的結(jié)果

可以參考往期內(nèi)容獲取GO富集分析結(jié)果

? GO和KEGG富集分析視頻講解

? DAVID進(jìn)行GO/KEGG富集分析及結(jié)果可視化

2. 差異表達(dá)分析結(jié)果

TCGA數(shù)據(jù)差異表達(dá)分析可以參考

? R代碼TCGA差異表達(dá)分析

? 零代碼TCGA差異表達(dá)分析

GEO中數(shù)據(jù)差異表達(dá)分析可以參考

? 零代碼差異表達(dá)分析工具：GEO2R

? GEO芯片數(shù)據(jù)差異表達(dá)分析

3. 需要展示的基因名字可以直接從差異表達(dá)分析結(jié)果中根據(jù)p.adj和logFC來(lái)進(jìn)行挑選，當(dāng)然也可以根據(jù)自己的興趣來(lái)挑選。

4.需要展示的GO條目

可以從GO富集分析結(jié)果中，根據(jù)FDR來(lái)挑選，當(dāng)然也可以根據(jù)自己的需求來(lái)挑選。

趕緊拿自己的數(shù)據(jù)試試吧！

【R語(yǔ)言】繪制GO富集分析弦圖