最近需要將bam文件映射到bed上并統(tǒng)計，一番嘗試操作之后發(fā)現(xiàn)：
貌似samtools bedcov 和 bedtools coverage都能用，但兩者有啥異同點呢？下邊就給大家扒一扒

相同點：bedtools bedcov 和 bedtools coverage兩個工具都可以對一個BAM的特定基因區(qū)域的覆蓋深度進行統(tǒng)計

使用的命令行如下：

bedtools coverage -a gene.bed -b sample.bam -d -counts
samtools bedcov gene.bed sample.bam

bedtools得到的結(jié)果如下：

chr1 6991 7008 "OR4F5" 61 #from bedtools coverage

samtools得到的結(jié)果如下：

chr1 6991 7008 "OR4F5" 4714 #from samtools bedcov

可以看出bedtools給出的覆蓋深度是61，samtools給出的覆蓋深度是4714，兩個之間的差距還是很大的，這其中的原因是什么？

區(qū)別：
其實上邊問題的原因很簡單，
bedtools coverage給出的統(tǒng)計量是目標區(qū)域的平均深度。
samtools bedcov給出的統(tǒng)計量是指bed區(qū)域內(nèi)每個堿基深度的加和。如果想要得到實際的平均深度，需要除以bed區(qū)域的長度。

最后值得注意的是，samtools bedcov 會忽略標記為duplicates, QC fail等的reads，但bedtools coverage不會。

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------I`m a line ! Thanks !-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------