今天分享一篇GEO數(shù)據(jù)挖掘+實驗驗證的文章，這篇文章發(fā)表在Cancer Cell International上，該期刊的影響因子：4.175，中科院最新分區(qū)：3區(qū)，審稿周期：5-8個月左右（審稿周期較長，審稿速度較慢），OA期刊：需要收取版面費，難度：**（相對比較容易），不在中科院《國際期刊預(yù)警名單（試行）》名單（ 2021年1月發(fā)布版）上。這篇文章主要的分析思路：通過GEO數(shù)據(jù)篩選出一定數(shù)量的差異基因，然后通過功能分析篩選一個值得深入研究的核心基因，先通過在線數(shù)據(jù)庫分析驗證這個基因的表達(dá)情況和預(yù)后情況，再補充免疫組化和PCR實驗盡心驗證。

參考文章：Bioinformatic analysis identifying FGF1 gene as a new prognostic indicator in clear cell Renal Cell Carcinoma

分析思路：

1、通過GEO數(shù)據(jù)的差異分析，篩選出一定數(shù)量的差異基因

2、一共得到192個差異基因，并且進(jìn)行GO富集分析和KEGG富集分析

3、將差異基因進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析，并且篩選核心基因，作者選出了FGF1作為后續(xù)深入研究的基因

4、通過一系列的在線數(shù)據(jù)庫驗證FGF1的表達(dá)情況和預(yù)后情況

5、補充免疫組化和PCR實驗驗證FGF1的表達(dá)

6、在線數(shù)據(jù)庫分析FGF1基因的理化特性以及其相關(guān)生物學(xué)功能、信號通路

總結(jié)：

作者通過GEO數(shù)據(jù)篩選出一定數(shù)量的差異基因，然后通過功能分析篩選一個值得深入研究的核心基因，先通過在線數(shù)據(jù)庫分析驗證這個基因的表達(dá)情況和預(yù)后情況，再補充免疫組化和PCR實驗盡心驗證。該分析思路簡單清晰，比較容易實現(xiàn)，所花費的經(jīng)費相對比較少。如果想將文章再上一個層次就需要進(jìn)行一系列的功能實驗，并且探索FGF1的作用機制，這也將花費更多的科研經(jīng)費，并不是所有的研究者都有這么多經(jīng)費，很有可能就是科研經(jīng)費決定著這篇文章的深度。