1. macs2 bdgcmp的用法

macs2 bdgcmp是用來比較和處理兩個(gè)由MACS2生成的bedGraph文件的。它的主要用途是從兩個(gè)比較的樣本中生成一個(gè)對(duì)數(shù)比率文件（logLR文件）或者差分文件。

以下是使用macs2 bdgcmp的基本語法：

macs2 bdgcmp -t treatment_file -c control_file -o output_file -m method

在這個(gè)命令中：

-t后面跟的是處理組的bedGraph文件。
-c后面跟的是對(duì)照組的bedGraph文件。
-o后面跟的是輸出文件的名字。
-m后面跟的是你想使用的計(jì)算方法，可以是ppois（兩個(gè)泊松分布的比率），subtract（直接相減），logFE（對(duì)數(shù)尺度的疊加比），logLR（對(duì)數(shù)似然比），log2LR（對(duì)數(shù)尺度的似然比）。
例如，如果你想用對(duì)數(shù)似然比方法比較treat.bdg和control.bdg文件，你可以使用以下命令：

macs2 bdgcmp -t treat.bdg -c control.bdg -o treat_vs_control.bdg -m logLR

這個(gè)命令會(huì)生成一個(gè)名為treat_vs_control.bdg的文件，其中包含了對(duì)數(shù)似然比。

請(qǐng)注意，所有的命令和選項(xiàng)都應(yīng)當(dāng)根據(jù)你的實(shí)際需要和數(shù)據(jù)來選擇和調(diào)整。在使用macs2 bdgcmp之前，你可能需要先使用macs2 callpeak來生成peak調(diào)用結(jié)果，然后使用macs2 bdgpeakcall或者其他方法來生成bedGraph文件。

2. macs2 callpeak命令

可以生成多種類型的輸出文件，包括：

_peaks.xls：包含了所有peaks的詳細(xì)列表。
_peaks.narrowPeak：BED格式的文件，包含了所有的peaks。
_summits.bed：包含了所有peaks的頂峰位置的BED文件。
另外，你可以用-B和--SPMR選項(xiàng)讓MACS2生成bedGraph文件，這個(gè)文件中包含了每個(gè)基因組位置的覆蓋度或者"信號(hào)強(qiáng)度"：

macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -f BAM -g hs -n sample -B --SPMR

在這個(gè)命令中：

-t后面跟的是處理組的BAM文件。
-c后面跟的是對(duì)照組的BAM文件。
-f BAM說明輸入文件是BAM格式的。
-g hs指定基因組大小為human。
-n后面跟的是輸出文件的前綴。
-B告訴MACS2生成bedGraph文件。
--SPMR讓MACS2將bedGraph文件中的讀數(shù)轉(zhuǎn)化為每百萬reads的比率。
這樣生成的_treat_pileup.bdg文件就包含了處理組的定量信號(hào)，其中每個(gè)位置的值代表了那個(gè)位置的reads覆蓋度，已經(jīng)被標(biāo)準(zhǔn)化為每百萬reads的比率。

然而，需要注意的是這個(gè)"信號(hào)強(qiáng)度"并不是-logP值。-logP值通常用于表示某個(gè)事件的統(tǒng)計(jì)顯著性，比如某個(gè)位置是一個(gè)顯著的peak的概率。
在MACS2的peak calling結(jié)果中，_peaks.xls和_peaks.narrowPeak文件中包含了每個(gè)peak的-log10(qvalue)，這個(gè)qvalue是經(jīng)過多重檢驗(yàn)修正的p值，可以用于評(píng)估每個(gè)peak的顯著性。

3 take home message

_peaks.narrowPeak文件是MACS2的peak calling結(jié)果，每一行代表一個(gè)peak。每個(gè)peak包含了染色體位置（起始位置和結(jié)束位置）、名稱、p值、q值等信息。在這個(gè)文件中，只有被識(shí)別為peaks的基因組區(qū)域有對(duì)應(yīng)的行，其他非peak區(qū)域并沒有記錄在文件中。

_treat_pileup.bdg文件是MACS2生成的覆蓋度文件，每一行代表一個(gè)基因組區(qū)域（通常為固定的窗口大小，如1bp）。在這個(gè)文件中，每個(gè)位置（或窗口）的值代表了這個(gè)位置的reads覆蓋度（或標(biāo)準(zhǔn)化后的覆蓋度，如果使用了--SPMR選項(xiàng)）。

因此，_peaks.narrowPeak文件和_treat_pileup.bdg文件提供了不同的信息：

_peaks.narrowPeak文件提供了每個(gè)peak的顯著性（p值或q值），可以用來鑒別哪些位置是蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合的顯著位置。
_treat_pileup.bdg文件提供了每個(gè)位置的reads覆蓋度，可以用來評(píng)估每個(gè)位置的信號(hào)強(qiáng)度或者reads豐度。
將_peaks.narrowPeak文件轉(zhuǎn)換為bedGraph格式，只能得到peak位置的-log10(pvalue)或-log10(qvalue)。非peak區(qū)域并沒有記錄在文件中，或者需要被設(shè)置為0或其他默認(rèn)值。

將_treat_pileup.bdg文件轉(zhuǎn)換為bigwig格式，可以得到整個(gè)基因組每個(gè)位置的reads覆蓋度，包括peak區(qū)域和非peak區(qū)域。

因此，如果你希望得到每個(gè)peak的顯著性，你應(yīng)該使用_peaks.narrowPeak文件。如果你希望得到每個(gè)位置的reads覆蓋度，你應(yīng)該使用_treat_pileup.bdg文件。