生信軟件安裝之Perl

  • Perl是一門解釋性語言
  • Perl的包管理工具:cpan,cpam
  • Perl的手動安裝方法

裝Perl模塊有兩種方法:

  • 自動安裝:CAPN,CPANM
  • 手動安裝(去CPAN網(wǎng)站下載所需要的模塊,手工編譯、安裝)
  • 推薦閱讀:perl模塊安裝大全

Trinitiy中Perl的作用

  1. 命令行參數(shù)解析
  2. 流程銜接
  3. 輸出格式解析
# 服務器上下載異常的慢,先下載到本地,再用winscp上傳,快很多
# 解壓縮—make編譯—
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ cd Trinityrnaseq-v2.6.6/
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src/Trinityrnaseq-v2.6.6$ make
# 如何使用,去官網(wǎng)看看使用方法吧

conda的Perl會和系統(tǒng)的Perl沖突

  • 原因:
    conda添加到環(huán)境變量后,conda的Perl取代了系統(tǒng)的Perl
    之前安裝Perl模塊要么找不到,要么與conda的Perl沖突
  • 解決方法:
    不要將conda添加到環(huán)境變量中
    解決方法:https://mp.weixin.qq.com/s/PkbM98OteU5xhhsjelBtSw
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