在免疫分析中，生信豆芽菜提供了一個TIP預測免疫

TIP預測免疫 - 生信豆芽菜 - 專門做分析的生信平臺. (sxdyc.com)

他的操作其實很簡單，就是上傳一個表達譜數(shù)據(jù)，其中行為基因，列為樣本，數(shù)據(jù)格式如果是帶小數(shù)的就選擇TPM，是整數(shù)的就選count，測序的類型為芯片（Microarray），或者是高通量測序（RNA-seq），當選擇芯片數(shù)據(jù)時，關于數(shù)據(jù)格式的TPM和count參數(shù)就會失效。我們只需要提交就可以了。

什么是TIP，TIP的全拼是什么呢？

Tracking Tumor Immunophenotype，是哈爾濱醫(yī)科大學生物信息科學與技術(shù)學院徐立文等人在2018年12月研發(fā)的一種用于解決腫瘤免疫表型分析的Web服務器，是一個很炫酷的研究腫瘤免疫的分析工具，操作簡單，結(jié)果清晰，簡直是相關生物學家、臨床醫(yī)生的福音，尤其是在沒有任何編程或計算機技能的情況下，可以對TIP的綜合狀態(tài)進行分析、跟蹤和可視化。

我們來看看TIP分析的主要功能：

1）通過腫瘤免疫周期分析在這七個階段下抗癌免疫狀態(tài)

2）推斷各種腫瘤浸潤免疫細胞的比例，如T細胞，B細胞，NK細胞，巨噬細胞的比例

3） 分析了33種TCGA人類癌癥中11373例患者的抗癌免疫狀態(tài)和腫瘤浸潤免疫細胞比例，作為腫瘤免疫表型分析的參考。

但是該工具運行非常費內(nèi)存，之前我也是充值了鉆石會員發(fā)現(xiàn)還是內(nèi)存超出了限制，并因此聯(lián)系了平臺技術(shù)負責人小白老師，她告訴我，因為我在上傳數(shù)據(jù)的過程中使用了5萬多個基因的表達矩陣，而基因數(shù)量越多，越吃內(nèi)存，有兩種解決方案，一種是升級為至尊會員，一種是進行基因過濾，選擇蛋白編碼的基因（差不多也就是2w來個基因），經(jīng)過這一點撥后，我過濾了基因，果然內(nèi)存不再報錯。

網(wǎng)站因為牽扯到重新計算，沒有提前計算好的說法，所以，相對來說就像大家說的一樣，運行很慢，通過溝通發(fā)現(xiàn)，目前生信豆芽菜對于平臺是兩臺機器24小時無間斷運行，一臺機器的內(nèi)存為512G，也就是說兩臺512G的機器同時支持用戶運行，以保證程序的穩(wěn)定運行。

慢不慢，看你怎么選擇了，其實 我之前買過很多課程，也有師兄師姐，朋友們分享過給我一些代碼，其中就有TIP，在運行的過程中，我做過對比，該分析也確實慢。