蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction, PPI）是指兩個或兩個以上的蛋白質(zhì)分子通過非共價鍵形成蛋白質(zhì)復(fù)合體（protein complex）的過程。在進行數(shù)據(jù)挖掘的時候往往會得到很多的差異表達的基因，當你對著一堆基因毫無頭緒時，此時PPI數(shù)據(jù)庫對你的數(shù)據(jù)挖掘起了很大的助攻作用。
常用的PPI分析數(shù)據(jù)庫有STRING，bioGRID，然而在分析時其功能也是有一定的局限性，所以今天我給大家這個數(shù)據(jù)庫在預(yù)測分析上功能更加強大，廢話不多說，直接往下看。
該數(shù)據(jù)庫名字叫做GeNets（網(wǎng)址：http://apps.broadinstitute.org/genets#），我們可以利用這個數(shù)據(jù)通過機器學(xué)習(xí)方法對差異基因（你尋找的一組差異基因）進行分析，找出其關(guān)鍵基因以及信號通路；同時該數(shù)據(jù)庫也可以通過聚類講尋找到的差異基因進行聚類；更人性化的是可以長期保存你所輸入的一組數(shù)據(jù)，每次用的時候直接調(diào)用數(shù)據(jù)就可以了。（進入數(shù)據(jù)庫后直接簡單注冊就能免費使用， 推薦使用谷歌瀏覽器）。
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進入數(shù)據(jù)庫后選擇快速可視化選項，基因列表可以選擇你以前保存的，也可以選擇粘貼新的，將需要分析的基因列表粘貼進去即可在網(wǎng)絡(luò)選擇中可以選擇GEO數(shù)據(jù)庫作為數(shù)據(jù)的訓(xùn)練集，同時也可選擇Web3（包括多個數(shù)據(jù)庫，推薦使用），選好之后直接點綠色圖標就可以了。
該圖就是你所分析的數(shù)據(jù)庫，點擊箭頭3所指向的鏈接即可對輸入的基因列表進行可視化。
可視化結(jié)果如下圖：其中不同的顏色代表不同的分類，通過機器學(xué)習(xí)的方法將其聚類到不同的疾病模型和信號通路上，點擊箭頭1所指向的區(qū)域可以查看富集分析的結(jié)果。
同時將頁面下拉可以得到具體的分析結(jié)果，同時得到對輸入基因進行注釋的結(jié)果：
點擊GENE SET ANALYSIS中的pre-GWAS分析可以得到下面的結(jié)果：
蛋白質(zhì)之間的相互作用構(gòu)成了細胞生化反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)的一個主要組成部分，對調(diào)控細胞及其信號有重要意義。
相互作用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫收集了由實驗驗證及文獻挖掘的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用，常用的在線工具有DIP（Database of Interacting Protein）、BioGRID (database of protein and genetic interaction)、HPRD （human protein reference database）、STRING、EVEX。
DIP可以使用基因的名字等關(guān)鍵詞、序列、模體/功能域、文獻、實驗等進行查詢。
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BioGRID是一個經(jīng)典的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫， 目前版本是3.5.170，該版本從68,754篇文獻中整理出了1,670,339個蛋白質(zhì)和遺傳相互作用，28,093個嵌合體信息以及726,378個來自主要模式生物物種翻譯后修飾信息。
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HPRD 數(shù)據(jù)庫只收錄人的蛋白相互作用信息，來源于文獻挖掘的最大的人蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，有PTM(翻譯后修飾)、亞細胞定位、結(jié)構(gòu)域等信息。
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STRING數(shù)據(jù)庫是一個覆蓋的物種最多，相互作用信息做大的，查詢已知蛋白質(zhì)之間和預(yù)測蛋白質(zhì)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫。
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EVEX是一款以基因為檢索對象，以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)的文本挖掘（text mining）數(shù)據(jù)庫。
