前面幾個(gè)內(nèi)容是指蛋白和小分子的處理過程，接下來一個(gè)非常重要的步驟是如何確定對(duì)接的位點(diǎn)，這也是整個(gè)分子對(duì)接過程中的重點(diǎn)。如果你能夠找到原結(jié)晶的配體，那么最方便的方法就是按照共結(jié)晶配體的位置確定對(duì)接位點(diǎn)，如果沒有，那就需要查閱文獻(xiàn)或者根據(jù)自身的經(jīng)驗(yàn)來確定這個(gè)對(duì)接位點(diǎn)。當(dāng)然，目前也有很多的關(guān)于位點(diǎn)選擇的預(yù)測(cè)方法，供大家參考。下面我們結(jié)合共結(jié)晶配體來對(duì)對(duì)接位置進(jìn)行設(shè)置。

1 首先確定共結(jié)晶配體的三維結(jié)構(gòu)的位置，這里面介紹個(gè)比較繁瑣但是會(huì)保險(xiǎn)一點(diǎn)的方法，就是根據(jù)PDB文件中的XYZ軸的數(shù)據(jù)計(jì)算下配體的在每個(gè)坐標(biāo)軸的平均值，這樣就大致屬于配體的中心結(jié)構(gòu)；由此便可以大致確定下對(duì)接位置的中心坐標(biāo)

2 打開AutoDockTools，依次點(diǎn)擊Grid-Macromolecule-Open，打開已經(jīng)預(yù)處理好的蛋白文件，可以設(shè)置為卡通格式；

3 點(diǎn)擊Grid Box，然后生成格點(diǎn)空間，下面開始對(duì)格點(diǎn)中心坐標(biāo)，距離中間點(diǎn)的位置和格點(diǎn)間隔進(jìn)行設(shè)置，其中格點(diǎn)間隔在Vina默認(rèn)設(shè)置為1；

4 對(duì)格點(diǎn)文件進(jìn)行保存；

5 將格點(diǎn)文件GPF保存在默認(rèn)文件夾中；

好了，以上就是對(duì)接位置的設(shè)置，這是非常重要的步驟；但是大部分時(shí)候要根據(jù)自己的具體情況設(shè)置數(shù)據(jù)，但是設(shè)置的步驟就是這樣的。好了，如果有問題可以關(guān)注木初專欄，互相交流。