因為繁重的學業(yè)，已經(jīng)很久沒有更新生信的內容了，十分慚愧。近日在本地電腦上運行bismark時，出現(xiàn)了奇奇怪怪的報錯，雖然最后的解決辦法是重裝bowtie2，但還是記錄一下錯誤類型和在哪里獲取的bowtie2是完好無損的。

【報錯過程】

在進行bismark_genome_preparation步驟時

報錯內容

進一步發(fā)現(xiàn)，不是bismark的問題，而是bowtie2里面bowtie2-build的問題，在試圖原地解決無效后，我們選擇了用conda卸載和重裝bowtie2

然而，坑人的地方在于，從conda安裝的bowtie2還是壞的，這讓我懷疑是不是python2的問題【不是】

【解決辦法】

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/

從該網(wǎng)站下載的bowtie2是最新的，且是完好的，該網(wǎng)址是由bowtie2手冊里推薦的

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#obtaining-bowtie-2

最后就是把bowtie2添加到環(huán)境里，再source一下bash_profile文件就好了