寫在前面：首先這是一門售價(jià)為 0.01 元的視頻課，應(yīng)該買不了吃虧和上當(dāng)哈~?而且和我本人沒有任何關(guān)系，單純覺得還蠻有用，推薦一下哈~
具體課程目錄舉例見下圖，都是基礎(chǔ)中的基礎(chǔ)，性價(jià)比較高，如果你也是濕實(shí)驗(yàn)出身，毫無(wú)生信基礎(chǔ)，可以考慮看看這些內(nèi)容哦。
正文在這：
這個(gè)課程其實(shí)我在研二的時(shí)候看過(guò)一部分，上面截圖里的圈圈就是我看過(guò)的記錄，然而當(dāng)時(shí)懵懵懂懂，看的內(nèi)容也是一知半解，且這個(gè)視頻內(nèi)容大多是基于一個(gè)生信軟件TBtools（簡(jiǎn)書可搜：生信札記），這對(duì)于當(dāng)時(shí)天天忙于做實(shí)驗(yàn)的我，實(shí)用性不高。
回到現(xiàn)在，因?yàn)橐咔橹荒茉诩覍W(xué)習(xí)，寫文章之余發(fā)現(xiàn)確實(shí)有很多分析結(jié)果需要這些生信軟件的支撐，這也讓我明白了結(jié)合實(shí)驗(yàn)和生信的必要性。所以，當(dāng)我開始自學(xué)TBtools的時(shí)候，也順便把這個(gè)視頻課撿起來(lái)看看。都說(shuō)好記性不如爛筆頭，更何況我記性也不太好，所以就邊看邊總結(jié)，有助于加深印象，防止自己以后忘記了又要重新開始哈哈哈。
1?已知基因家族成員下載——NCBI
首先基因組數(shù)據(jù)庫(kù)有很多：NCBI，EMBL，DDBJ，JGI 等等，最常用的NCBI：
根據(jù)你想下載的內(nèi)容選擇 Nucleotide 或者 Protein，輸入物種拉丁名和家族名稱然后search，如：
下拉選擇你需要的內(nèi)容，勾選，右上角Send?to ——》File ——》Format：FASTA ——》Create?File，即下載成功。
2?根據(jù)發(fā)表文獻(xiàn)中ID獲取序列（TBtools的應(yīng)用）
①?Sequence Toolkit ——》NCBI?sequence?Fetch ——》NCBI?sequence?download：可以根據(jù)序列的 Accession?number?或者?GI?number?在本地進(jìn)行下載，批量下載換行即可
②?Sequence Toolkit ——》Fasta?Tools ——》?Fasta?Extract：可以根據(jù)文獻(xiàn)中的某家族成員ID，在總的基因組序列文件中進(jìn)行提取
3 GFF文件的下載——NCBI
GFF文件：里面包含基因的外顯子和內(nèi)含子等信息，方便基因結(jié)構(gòu)的分析。而且如果下載了GFF格式無(wú)法打開，可以用TBtools里面?Other——》Big?File?Previewer，然后將文件拖拽盡力即可快速查看：
或者win+R，打開cmd，cd?Desktop是打開桌面的意思，回車打開，more+想要查看的文件名，可輸入一部分，后面tab補(bǔ)齊，再回車即可查看：
那么，去哪兒下載GFF文件？ NCBI上先選Genome，再輸入拉丁名，一鍵search。
1.點(diǎn)GFF直接下載。
2.GenBank選擇想要的基因組版本，可以找到更多更全面的基因組信息，如下圖：
4 GFF文件的下載——其他數(shù)據(jù)庫(kù)
講的動(dòng)物，人類，木薯啥的基因組下載，好像用不太到哦。
5-8 本地blast的應(yīng)用
因?yàn)門Btools也支持blast功能了，我就直接用TBtools了。
visualize之后，選擇不同的可視化模式，關(guān)閉窗口即可。
9 CDD確定結(jié)構(gòu)域
CDD：CD-search工具：鑒定蛋白質(zhì)或者核酸序列內(nèi)保守結(jié)構(gòu)域。Batch啥意思，批量的意思，所以之后你看到帶Batch的就知道，哦，這個(gè)是批量處理工具，比如點(diǎn)開CDD頁(yè)面正中間的：
然后輸入蛋白序列，submit，就能找到輸入序列的保守功能結(jié)構(gòu)域哈。需要注意的一點(diǎn)是，當(dāng)你把結(jié)構(gòu)域結(jié)果下載下來(lái)，表格中有一項(xiàng) Incomplete，“-” 則表示正常，“C或者N”?則需注意（據(jù)我推測(cè)可能表示比對(duì)到保守結(jié)構(gòu)域的C端或者N端？）。這個(gè)時(shí)候我們需要剔除比對(duì)長(zhǎng)度小于50%的序列，舉例來(lái)說(shuō)，如果A結(jié)構(gòu)域是100，但是你只比對(duì)到49，那這個(gè)比對(duì)結(jié)果可能不可靠，剔除。
10 Pfam確定結(jié)構(gòu)域
Pfam：蛋白質(zhì)家族的集合，每個(gè)蛋白家族由多序列比對(duì)和Hmm模型的形式表示。
點(diǎn)進(jìn)Pfam網(wǎng)址后，輸入你的蛋白序列和郵箱，submit。網(wǎng)頁(yè)上的結(jié)果不如郵箱全面，所以直接看郵箱結(jié)果即可。同樣，如果有較短的結(jié)果，不可靠，需要剔除。
11 進(jìn)化樹
這題我會(huì)做，下一個(gè)。進(jìn)化樹步驟
12 基因結(jié)構(gòu)繪制——TBtools
phytozome，植物的基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù)，需要注冊(cè)。然后下載所需的gene.gff文件（1）。
確定你想繪制的所有基因的ID，整理到成一個(gè)txt（2）。
調(diào)整顏色格式之后，Save?Graph保存矢量圖。
如果還想在基因結(jié)構(gòu)左側(cè)加一個(gè)進(jìn)化樹，那么用mega做好進(jìn)化樹，并保存為Newick（.nwk）格式，并且保證基因去CD?search時(shí)候的順序和進(jìn)化樹里的順序是對(duì)應(yīng)的。
將.nwk文件用Notepad打開，復(fù)制，粘貼到上圖輸入（2）的位置，再輸入CD?search的結(jié)果，start即可。
OK，今天先聽到這里，視頻課如果感興趣的話，微信找到“今天吃了橙子”，回復(fù)“基礎(chǔ)”，即可獲取視頻鏈接哦~
