trimmomatic是一款用來處理illumina測(cè)序數(shù)據(jù)的工具，可以是單條的single reads，也可以是成對(duì)的pairend reads。支持壓縮格式數(shù)據(jù)。功能和其他數(shù)據(jù)處理的程序都差不多，主要包括，1、去除adapter序列以及測(cè)序中其他特殊序列；2、采用滑動(dòng)窗口的方法，切除或者刪除低質(zhì)量堿基
1. 先新建一個(gè)文件夾，mkdir trimmomatic
2.? cd?Trimmomatic? ?（后ls）
3.?wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip
4. unzip?Trimmomatic-0.38.zip
5. cd?Trimmomatic-0.38??（后ls）
6.? which java? (java?在/opt/tesc/share/jdk1.8.0-20/bin/java中）
7.? /opt/tesc/share/jdk1.8.0-20/bin/java? ?（后ls）
8.?pwd
9.?/opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar
10.? ls
11.?/opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar? --help
12.?進(jìn)入自己fastq數(shù)據(jù)的文件夾
13./opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 017_R1.fastq 017_R2.fastq output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
（/opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java為Java的路徑，-jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar為該軟件所在的位置，需要明確指明質(zhì)量值體系是Phred33還是Phred64，默認(rèn)是Phred64，這需要特別注意，因?yàn)槲覀儸F(xiàn)在的測(cè)序數(shù)據(jù)基本都是Phred33的了，所以一定要指定這個(gè)參數(shù)。017_R1.fastq 017_R2.fastq要進(jìn)行過濾的文件，output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz為輸出文件
ILLUMINACLIP，接頭序列切除參數(shù)。LLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10（省掉了路徑）意思分別是：TruSeq3-PE.fa是接頭序列，2是比對(duì)時(shí)接頭序列時(shí)所允許的最大錯(cuò)配數(shù)；30指的是要求PE的兩條read同時(shí)和PE的adapter序列比對(duì)，匹配度加起來超30%，那么就認(rèn)為這對(duì)PE的read含有adapter，并在對(duì)應(yīng)的位置需要進(jìn)行切除【注】。10和前面的30不同，它指的是，我就什么也不管，反正只要這條read的某部分和adpater序列有超過10%的匹配率，那么就代表含有adapter了，需要進(jìn)行去除；
LEADING，規(guī)定read開頭的堿基是否要被切除的質(zhì)量閾值；
TRAILING，規(guī)定read末尾的堿基是否要被切除的質(zhì)量閾值；
SLIDINGWINDOW，滑動(dòng)窗口長度的參數(shù)，SLIDINGWINDOW:5:20代表窗口長度為5，窗口中的平均質(zhì)量值至少為20，否則會(huì)開始切除；
MINLEN，規(guī)定read被切除后至少需要保留的長度，如果低于該長度，會(huì)被丟掉。
14.?若要將002_R1.fastq改為002_R1.fastq.gz，直接gzip 002_R2.fastq即可，若要解壓，直接gunzip 002_R2.fastq.gz
trimmomatic可以對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾
java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:$file_path/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
運(yùn)行上面的命令可以完成以下任務(wù)
Remove adapters (ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10) #去掉接頭
Remove leading low quality or N bases (below quality 3) (LEADING:3) #去掉開頭質(zhì)量低于3或N堿基
Remove trailing low quality or N bases (below quality 3) (TRAILING:3) #去掉末尾質(zhì)量低于3或N堿基
Scan the read with a 4-base wide sliding window, cutting when the average quality per base drops below 15 (SLIDINGWINDOW:4:15) #以4個(gè)堿基為滑動(dòng)窗口對(duì)reads進(jìn)行掃描，當(dāng)平均質(zhì)量值低于15時(shí)進(jìn)行剪切
Drop reads below the 36 bases long (MINLEN:36) #去掉長度小于36的reads
