1950年8月29日，教育部發(fā)文交通大學(xué)，將航業(yè)管理系并入上海航務(wù)學(xué)院（今大連海事大學(xué)）；1951年6月10日，將運(yùn)輸管理系調(diào)入北方交通大學(xué)（今西南交通大學(xué)和北京交通大學(xué)）。

1951年6月12日，交大院系進(jìn)行較大規(guī)模的調(diào)整，管理學(xué)院被撤銷。

1952年，交通大學(xué)機(jī)械、電機(jī)、造船三系得到加強(qiáng)，其余院系幾乎全部被調(diào)出，經(jīng)過(guò)院系調(diào)整交通大學(xué)成為機(jī)械類、電機(jī)類、造船類共設(shè)7個(gè)系的多科性工科大學(xué)。從交通大學(xué)調(diào)整到其他學(xué)校的系科有：

理學(xué)院的數(shù)學(xué)系、物理系、比學(xué)系三系的師資、設(shè)備除留下教學(xué)所需之外調(diào)整到復(fù)旦大學(xué)，部分師資調(diào)整到華東師范大學(xué)。自此，交通大學(xué)理學(xué)院撤銷。

土木工程系全部調(diào)整到同濟(jì)大學(xué)；航空工程系全部調(diào)整出去合并成立華東航空學(xué)院（今西北工業(yè)大學(xué)）；水利工程系全部調(diào)整出去合并成立華東水利學(xué)院（今河海大學(xué)），化學(xué)工程系全部調(diào)整出去合并成立華東化工學(xué)院（今華東理工大學(xué)）。