數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastqc
fastqc軟件可以對fastq格式的原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)量統(tǒng)計，評估測序結(jié)果，為下一步修剪過濾提供參考

fastqc的常用參數(shù)

1. -h 打印fastqc的幫助信息
2. -o 設(shè)置輸出目錄，此文件夾一定要存在，否則無法生成結(jié)果；若不設(shè)置此參數(shù)，默認將結(jié)果輸出到文件所在文件夾
3. -j 制定Java的路徑，否則Java命令存在于系統(tǒng)環(huán)境變量 PATH中
4. -f 制定輸入格式，默認為fastq，可選格式為：bam、sam
5. -t 線程數(shù)
6. -v 軟件版本信息
7. -d 存放質(zhì)控過程中產(chǎn)生的臨時文件，如不設(shè)置，則使用系統(tǒng)的臨時目錄

#創(chuàng)建儲存輸出結(jié)果的文件夾
mkdir qc
#創(chuàng)建文件夾地址變量
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
#多個數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz
#######################分割線#######################
# 如果樣本比較大，用vim寫腳本，然后掛到后臺
vim qc.sh   # 在腳本里寫入命令，命令里含有自定義變量，也要寫到腳本里
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz    
touch finished.ok    #任務(wù)結(jié)束后的提示
# 掛到后臺
nohup sh qc.sh >qc.log &

multiqc整合fastqc結(jié)果

multiqc *.zip
#也可以用vim寫在前面的命令腳本里