生信小白如何畫circos圖

相信不少小伙伴在Top文章經(jīng)??吹竭^這樣美美的圈圖,即我們常說的circos圖,那么今天就來簡單介紹一下該軟件的安裝和操作。

圖片

打開circos官網(wǎng)地址(http://circos.ca/),我們看到的就是circos網(wǎng)站的首頁圖,點擊最上邊的GET STARTED。

圖片

(http://circos.ca/)

打開界面如下:

圖片

上面可以直接點linux版本或者windows版本進(jìn)行下載安裝,具體的安裝步驟可以參考官網(wǎng)(http://circos.ca/tutorials/lessons/configuration/unix_vs_windows/),安裝好后根據(jù)不同的版本進(jìn)行操作即可。

On UNIX (e.g. Linux),在虛擬機(jī)或者liunux服務(wù)器上安裝步驟如下

# UNIX> cd example
> ./run# batch file runs 'circos -conf etc/circos.conf'debuggroup summary 0.86s parsing karyotype and organizing ideograms
debuggroup summary 1.08s applying global and local scaling
debuggroup summary 1.15s allocating image, colors and brushes
debuggroup summary 7.19s drawing highlights and ideograms
debuggroup summary 8.94s processing links
debuggroup summary 13.31s processing data tracks
Processing text track - this might take a while
debuggroup summary 68.75s generating output
created image at ./circos.png
created image at ./circos.svg# look at circos.png

On Windows,安裝步驟如下

# Windows> cd example
> perl ..\bin\circos -conf etc\circos.conf

You can always leave out the -conf etc\circos because Circos will find it automatically.

> perl ..\bin\circos

If you get a "configuration file not found" error, then you are very likely not in the example directory. To check, use cd which will report the current directory. It should be where you installed circos.

> cd
C:\circos\example

利用circos軟件的示例文件運行代碼繪制circos圖非常炫酷,有png和svg兩種格式,大家可以試一試。

圖片

circos圖今天就先給大家介紹到這里,希望大家的科研能有所幫助!祝您科研順利快樂!

生信漫談

生信漫談,認(rèn)識生信,學(xué)習(xí)生信,跨越生信入門路上的障礙,從而利用生信技術(shù)解決科研學(xué)習(xí)路上的絆腳石!

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成,瀏覽時請結(jié)合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明:文章內(nèi)容(如有圖片或視頻亦包括在內(nèi))由作者上傳并發(fā)布,文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發(fā)布平臺,僅提供信息存儲服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

  • circos 是一款perl 語言開發(fā)的畫圖軟件,提供了染色體相關(guān)數(shù)據(jù)的一種可視化方式。其制作的圖表精美,被科研工...
    BeautifulSoulpy閱讀 6,126評論 1 9
  • 花了不到一個月的時間,斷斷續(xù)續(xù)的把小駱駝的90%內(nèi)容過了一遍。在學(xué)習(xí)perl之前,知道了circos這個軟件,可以...
    生信start_site閱讀 3,594評論 0 20
  • 劉小澤上篇寫于18.10.3 ,中篇寫于18.10.4,下篇寫于18.10.6學(xué)習(xí)障礙的規(guī)律往往是:不是因為它多難...
    劉小澤閱讀 3,050評論 3 13
  • circos的安裝使用 參考資料 參考教程 http://www.itdecent.cn/p/741e77c94...
    wo_monic閱讀 4,091評論 6 12
  • Getting Started Use the Current Stable Version (7.1) Buil...
    Leonzai閱讀 2,051評論 0 3

友情鏈接更多精彩內(nèi)容