bwa

  1. apt-get安裝bwa

sudo apt install bwa

已經(jīng)統(tǒng)一安裝了，不用再裝了

bwa

  1. 下載參考基因組

mkdir ~/bwa_test -p
cd ~/bwa_test/
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/012/525/GCA_000012525.1_ASM1252v1/GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz
gunzip GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz

  1. 運行bwa將read比對到參考基因組

為參考基因組建立索引

bwa index GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna -p PCC7942_index

bwa比對

bwa mem PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam

less test_bwa_7942.sam

  1. Bowtie2安裝運行
    mkdir bowtie2_test
    cd bowtie2_test/

拷參考基因組文件

cp ../bwa_test/GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna ./
ll

建立索引

bowtie2-build GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna PCC7942_index
ll

bowtie2比對

bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam
ll

● 比較bwa和bowtie2運行速度
time bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam

time bwa mem -t 1 ../bwa_test/PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam

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