R、R包的下載和安裝

R和Rstudio的下載與安裝

大家都知道R語言很重要,可以幫我們統(tǒng)計、繪圖,干各種各樣的事情。

什么是R?R是一種統(tǒng)計繪圖語言,也指實現(xiàn)該語言的軟件。

想了解R的起源,可以去看這篇文獻:

R: A Language for Data Analysis and Graphics.

說一千道一萬,不如放手干一遍

學R先安裝再說,R是一個開源的軟件,是免費的,安裝還是比較方便的。

下面是下載R的官網(wǎng):

https://www.r-project.org/

點擊左側(cè)一欄的Download下面的SCAN,選擇一個下載鏡像



安裝的時候各選項默認,語言建議選英語,不只是可以鍛煉英語,也能避免用漢語出現(xiàn)的一些不兼容的情況,還有一個好處就是報錯的時候提示信息為英語,可以直接粘貼復制這段報錯信息去百度解決辦法,因為大多數(shù)用戶都選擇英文,提供的解決方案也是針對英文的報錯信息。

建議同時安裝Rstudio。Rstudio是R的圖形界面,可以讓R語言代碼更直觀、明了地運行。?

如果你還沒明白Rstudio是啥,按下面說的做就行:先下載安裝R,再下載安裝Rstudio,每次使用時,不用打開R,?直接打開Rstudio就可以。

RStudio is a set of integrated tools designedto help you be more productive with R. It includes a console,syntax-highlighting editor that supports direct code execution, and a varietyof robust tools for plotting, viewing history, debugging and managing yourworkspace.

Rstudio同樣是免費開源的,下載地址為:

https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download

Rstudio的工作界面

下面是Rstudio的工作界面,共分為四個區(qū)。


A程序代碼編輯區(qū)

B程序運行及結(jié)果區(qū)

C工作空間。代碼運行記錄區(qū)

D繪圖、程序包、R幫助區(qū)

我們一般在A區(qū)編輯命令行,然后將鼠標光標移動到想要運行的命令行那一行,點擊右上角的run,命令行就會在B區(qū)運行并輸出結(jié)果,如果是作圖的命令,會在C區(qū)出現(xiàn)圖。舉個例子,我們在A區(qū)輸入命令1+1,點擊run,在B區(qū)運行命令行1+1,并輸出結(jié)果2

有的命令我們今后可能還會用到,因此我們希望將它們保存,下次不用再輸入,可以直接運行。換言之,我們在A區(qū)所輸入的所有命令行就是一個腳本文件,我們希望保存這個文件,那么我們點擊工具欄左側(cè)File下拉菜單中的save,就可以把這個腳本文件保存到指定的路徑下。同樣的,如果我們想在Rstudio中運行一個腳本文件的命令行,我們可以點擊工具欄File下拉菜單中的open?file,打開指定的腳本文件。

R中的安裝包

個人覺得R之所以方便是因為有很多可以直接使用的函數(shù)和包。我們也經(jīng)常聽別人說用哪個函數(shù)可以做什么,用哪個R包可以做什么。

那什么是函數(shù)呢?不太好說,舉個栗子吧:

我們常見的統(tǒng)計函數(shù),比如求平均值,在R里就運行函數(shù)mean(),而不需要寫計算式


> #求3、4、5的平均值

> mean(3,5,4)


那是什么是R包(packages)?R程序包是函數(shù)的集合,個人理解就是別人寫好的包,實現(xiàn)很多復雜的功能只需要一個簡單的函數(shù)命令。比如進行群落生態(tài)學分析常用的vegan包。

所有能使用的R函數(shù)都包含在一個庫(library)中,該庫放在磁盤的R_HOME/library目錄下,(R_HOME是最初安裝R 的地址)。這個目錄下含有各種功能的包。base包是R 的核心,它包含了R語言中很多最近本的函數(shù)。無需載入base包,我們就可以使用它下面的函數(shù)。

除了上面提到的base包,使用各種R包中函數(shù)的前提是你首先安裝并載入了它。

那么怎么安裝R包呢?輸入簡單的命令行就可以實現(xiàn)。

命令行可以直接在B區(qū)輸入。R默認的命令提示符為“>”它表示正在等待輸入命令。

也可以運行A區(qū)編輯好的的命令行(把鼠標光標移到想要運行的命令行后面,點擊該區(qū)右上角的run)。

所有的命令都要在英文輸入法下輸入。

> #安裝R包

> install.packages("package name")

> #載入包

> library(package name)

> #更新包

> update.packages(package name)


這種安裝方式必須在有網(wǎng)的時候才能實現(xiàn)。

除了輸入代碼命令,在上方的工具欄Tools下有Install Packages,也可以進行包的安裝。

注意:腳本中#后面的內(nèi)容不會被運行,一般是自己的備注,說明這一步要干什么。


實例:

> #安裝并導入"vegan"包

> install.packages("vegan")

> library(vegan)


有的時候運行完library(package name)后會出現(xiàn)警告信息(warning messages),一般是因為導入包不成功。我們要學會讀這些警告信息,找出問題的所在。有的時候是因為導入這個包需要先載入別的包,有的時候是因為R的版本低。我們就可以安裝最新的版本。

怎么查看自己的R的版本呢?通過下面的命令:


> R.Version()


有沒有不需要去網(wǎng)站下載,直接更新R版本的方法呢?


> install.packages("installr")

> library(installr)

> updateR()


運行這個命令,然后根據(jù)對話框提示選擇就可以。

我們看到updateR()這個函數(shù)也是要先安裝載入installr包才能使用的。這也再次展示了包和函數(shù)的關(guān)系。

對小白來說,我們對很多函數(shù)和R包的功能都不熟悉,這個時候我們可以運行:


> ?packagename/functionname


或者


> help(packagename/functionname)


在D區(qū)就會出現(xiàn)詳細的介紹,包括descriptions,details, authors和examples。運行這個命令的前提是我們已經(jīng)載入了該包或者函數(shù)所在的包


實例:

> #查看vegan包的信息

> ?vegan

> help(vegan)

> #查看函數(shù)mean()的信息

> ?mean

> help(mean)

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