chipseq三種分析工具

masc2 DROMPAplus HOMER
使用體驗(yàn):
1.HOMER最完整,不需要和其他工具配合就能完成callpeak和注釋,注釋文件也自帶提供,支持自建。相比之下其他兩者主要是提供callpeak,注釋需要和其他工具配合,較為復(fù)雜。其中masc2功能最單一,向畫圖都需要用其他工具,DROMPAplus提供畫圖結(jié)果,但是提供的類型也較單一。
2.HOMER能找到最多的peak,masc2 和 DROMPAplus結(jié)果非常一致,但是他們找到的peak少于HOMER。
3.HOMER運(yùn)行中給出的信息很全,方便觀察。
總之,在不清楚三者原理的情況下HOMER的使用體驗(yàn)最好,工具完整且每一步的輸出信息全面,其他兩個(gè)參數(shù)都太少,信息給的也少。

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