前面給大家簡單介紹過一些?ceRNA研究思路！ 以及?2021年1-2月ceRNA研究匯總。
俗話說理論需要結(jié)合實踐，那么今天小編就給大家介紹一個ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建線上課程，讓你也能構(gòu)建自己的ceRNA網(wǎng)絡(luò)。
本課程分為七部分，一共39期內(nèi)容
第一部分，TCGA數(shù)據(jù)庫介紹，表達譜數(shù)據(jù)下載及合并
1.其中第一期主要介紹TCGA數(shù)據(jù)庫，以及如何從TCGA數(shù)據(jù)庫下載RANseq數(shù)據(jù)和臨床信息。
2.第二，三期主要講解如何處理臨床數(shù)據(jù)。
3.第四期講解如何下載miRNA數(shù)據(jù)，
4.第五期講解如何通過R代碼合并表達矩陣。
5.第六期講解如何使用R的shiny包，生成一個帶有圖形用戶界面的工具，零代碼合并得到表達矩陣
6.第七期作為課程補充內(nèi)容，講解如何從miRbase獲取人的所有miRNA名字。
7.第八期和第九期分別介紹如何在windows和Mac下安裝R和Rstudio。
第二部分，使用R的shiny工具，零代碼做TCGA數(shù)據(jù)差異表達分析
1.第一期，TCGA表達譜數(shù)據(jù)和樣本類型文件準備。介紹DEApp工具。
2.第二期，講解如何在DEApp工具中進行數(shù)據(jù)上傳，表達譜歸一化，PCA分析，基因過濾，差異表達分析，火山圖，結(jié)果下載。
3.第三期，講解DEApp中三種做差異表達分析的方法，limma，edgeR和DEseq2，結(jié)果比較。以及miRNA數(shù)據(jù)差異表達分析。
第三部分，使用R代碼做TCGA數(shù)據(jù)差異表達分析
1.第一期，講解過濾重復(fù)樣本，過濾樣本類型函數(shù)
2.第二期，講解三種差異表達方法limma，edgeR和DEseq2，以及差異表達分析結(jié)果過濾函數(shù)。
會對差異表達基因做注釋，將Ensembl基因ID轉(zhuǎn)換成基因名字。添加基因的RNA類型(mRNA，lncRNA，pseudogene etc)，便于后續(xù)其他類型的分析(相關(guān)性分析，ceRNA分析 etc)。
3.第三期，采用TCGA真是數(shù)據(jù)，演示RNAseq數(shù)據(jù)及miRNA seq數(shù)據(jù)差異表達分析
4.第四期，windows下如何安裝R和Rstudio軟件
5.第五期，mac下如何安裝R和Rstudio軟件
第四部分，繪制火山圖
1.第一期：詳細講解火山圖該如何理解
2.第二期：繪制火山圖時如何修改火山圖主標題，副標題，腳注
3.第三期：繪制火山圖時如何修改火山圖X軸范圍，F(xiàn)old Change閾值，P值閾值，修改點大小，顏色（自定義顏色）和標簽大小，如何隱藏標簽
4.第四期：繪制火山圖時如何修改火山圖中點的形狀（自定義形狀），修改圖注內(nèi)容，風格和位置，用箭頭標注點的名字，只標注感興趣的點，用帶方框的標簽來標注點的名字
第五部分，miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預(yù)測
1.第一節(jié)，介紹miRBase數(shù)據(jù)庫，以及如何從miRBase數(shù)據(jù)庫下載miRNA數(shù)據(jù)
2.第二節(jié)，介紹miRTarBase數(shù)據(jù)庫
3.第三節(jié)，介紹miRcode數(shù)據(jù)庫
4.第四節(jié)，介紹starbase(ENCORI)數(shù)據(jù)庫，以及利用starbase預(yù)測miRNA-mRNA之間調(diào)控關(guān)系
5.第五節(jié)，利用starbase預(yù)測miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之間調(diào)控關(guān)系，以及其他RNA-RNA之間相互調(diào)控關(guān)系，還有ceRNA網(wǎng)絡(luò)鑒定。
6.第六節(jié)，介紹starbase的pancancer功能，如何畫基因表達箱型圖，生存曲線以及表達相關(guān)性散點圖
7.第七節(jié)，基于starbase所有的預(yù)測結(jié)果(已經(jīng)幫大家下載好了人和鼠的所有預(yù)測結(jié)果，可以直接使用)，利用R代碼批量預(yù)測miRNA-mRNA之間的調(diào)控關(guān)系
8.第八節(jié)，基于starbase所有的預(yù)測結(jié)果(已經(jīng)幫大家下載好了人和鼠的所有預(yù)測結(jié)果，可以直接使用)，利用R代碼批量預(yù)測miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA之間的調(diào)控關(guān)系
9.第九節(jié)，介紹Targetscan數(shù)據(jù)庫，如何查找miRNA的靶基因以及通過靶基因查找調(diào)控的miRNA
10.第十節(jié)，下載Targetscan預(yù)測結(jié)果以及注釋文件
11.第十一節(jié)，基于Targetscan所有的預(yù)測結(jié)果，利用R代碼批量預(yù)測miRNA-mRNA之間的調(diào)控關(guān)系
12.第十二節(jié)，windows下如何安裝R和Rstudio軟件
13.第十三節(jié)，mac下如何安裝R和Rstudio軟件
第六部分，如何使用R制作cytoscape構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)的輸入文件
包括節(jié)點和邊兩個文件
第七部分，介紹如何使用cytoscape構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)并做相應(yīng)分析
1.cytoscape的下載，安裝，以及cytohubba和MCODE插件的安裝
2.從文本文件導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和表格，設(shè)置節(jié)點和邊的屬性。根據(jù)不同的RNA類型，例如miRNA，lncRNA，mRNA分別設(shè)置不同的節(jié)點形狀和顏色。
3.調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)圖的布局方式（layout）
4.利用cytohubba和MCODE插件分析網(wǎng)絡(luò)圖中的核心節(jié)點和核心子網(wǎng)絡(luò)
